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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yj2 | ||||||
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タイトル | Cyclized, non-dehydrated post-translational product for S65A Y66S H148G GFP variant | ||||||
![]() | Green Fluorescent Protein | ||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / MIO / chromophore / electrophile / histidine / ammonia / lyase / HAL / biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Understanding GFP Chromophore Biosynthesis: Controlling Backbone Cyclization and Modifying Post-translational Chemistry. 著者: Barondeau, D.P. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. #1: ![]() タイトル: Mechanism and Energetics of Green Fluorescent Protein Chromophore Synthesis Revealed by Trapped Intermediate Structures 著者: Barondeau, D.P. / Putnam, C.D. / Kassmann, C.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26683.951 Da / 分子数: 1 / 変異: S65A Y66S F99S H148G M153T V163A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, 50 mM MgCl2, 50 mM Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 36704 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 91.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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