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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yek | ||||||
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タイトル | CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / ABZYME / REACTION PRODUCT | ||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / immune response / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gigant, B. / Knossow, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crossreactivity, efficiency and catalytic specificity of an esterase-like antibody. 著者: Gigant, B. / Charbonnier, J.B. / Eshhar, Z. / Green, B.S. / Knossow, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24019.842 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 抗体 | 分子量: 24189.217 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-NPO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS. (RESIDUES H106 - H223) AND OF THE LIGHT ...THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS. (RESIDUES H106 - H223) AND OF THE LIGHT CHAINS (RESIDUES L107 - L214) HAVE NOT BEEN DETERMINED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH 6.0, 40MM ZN ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月19日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→17 Å / Num. obs: 33481 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 84756 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.401 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1YEC 解像度: 2.1→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.291 / Rfactor obs: 0.291 |