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万見
- PDB-1yd9: 1.6A Crystal Structure of the Non-Histone Domain of the Histone V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yd9
タイトル1.6A Crystal Structure of the Non-Histone Domain of the Histone Variant MacroH2A1.1.
要素Core histone macro-H2A.1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Alpha-Beta Structure / A1pp Domain / Macro-Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell cycle G2/M phase transition / negative regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / regulation of NAD metabolic process / positive regulation of response to oxidative stress / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / regulation of response to oxidative stress / ADP-D-ribose binding / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / sex-chromosome dosage compensation ...negative regulation of cell cycle G2/M phase transition / negative regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / regulation of NAD metabolic process / positive regulation of response to oxidative stress / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / regulation of response to oxidative stress / ADP-D-ribose binding / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / sex-chromosome dosage compensation / positive regulation of endodermal cell differentiation / establishment of protein localization to chromatin / double-stranded methylated DNA binding / Barr body / rDNA binding / regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of keratinocyte differentiation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of response to oxidative stress / nuclear chromosome / negative regulation of gene expression, epigenetic / site of DNA damage / regulation of lipid metabolic process / pericentric heterochromatin / condensed chromosome / nucleosomal DNA binding / epigenetic regulation of gene expression / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA repair / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Core histone macro-H2A / Core histone macro-H2A, macro domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 ...Core histone macro-H2A / Core histone macro-H2A, macro domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Core histone macro-H2A.1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chakravarthy, S. / Swamy, G.Y.S.K. / Caron, C. / Perche, P.Y. / Pehrson, J.R. / Khochbin, S. / Luger, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural characterization of the histone variant macroH2A
著者: Chakravarthy, S. / Gundimella, S.K. / Caron, C. / Perche, P.Y. / Pehrson, J.R. / Khochbin, S. / Luger, K.
履歴
登録2004年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The first five residues GPLGS are cloning artifacts. The sequence 6-51 is variance ...SEQUENCE The first five residues GPLGS are cloning artifacts. The sequence 6-51 is variance splicing in isoform 1.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core histone macro-H2A.1
B: Core histone macro-H2A.1
C: Core histone macro-H2A.1
D: Core histone macro-H2A.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9428
ポリマ－82,1544
非ポリマー7884
水9,728540
1
A: Core histone macro-H2A.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7352
ポリマ－20,5391
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Core histone macro-H2A.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7352
ポリマ－20,5391
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Core histone macro-H2A.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7352
ポリマ－20,5391
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Core histone macro-H2A.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7352
ポリマ－20,5391
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.114, 89.791, 95.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Core histone macro-H2A.1 / Histone macroH2A1 / mH2A1 / H2A.y / H2A/y


分子量: 20538.521 Da / 分子数: 4 / 断片: Non-Histone Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: H2afy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02874
#2: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1726
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2921蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.928% PEG 2000, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Acetate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
2922蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.928% PEG 2000, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Acetate, Potassium Dicyanoaurate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.074853
シンクロトロンALS 8.3.121.074800, 1.039990
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0748531
21.07481
31.039991
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 94878 / Num. obs: 91017 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 2757 Random
Rwork0.235 --
all-94878 -
obs-91017 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5629 0 4 540 6173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0048
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2613

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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