ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | ADSC | | データ収集 | HKL-2000 | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: homology model built from PDB entries 1UDD and 1RTW 解像度: 2.6→39.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 270453.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.284 | 28907 | 95 % | RANDOM |
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Rwork | 0.231 | - | - | - |
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all | 0.237 | 30807 | - | - |
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obs | 0.231 | 30415 | 94.6 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.662 Å2 / ksol: 0.345707 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.61 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 10.82 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -14.43 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.42 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.26 Å | 0.36 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.75 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 7240 | 0 | 0 | 147 | 7387 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d17.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.67 | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.341 | 4414 | 95.3 % |
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Rwork | 0.271 | 220 | - |
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obs | - | - | 87.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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