+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1to9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of THI-4 protein from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | (THI-4 protein) x 2 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TenA / Thiamine Biosynthesis / all-alpha / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rajan, S.S. / Shuvalova, L. / Yang, X. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of THI-4 protein from Bacillus subtilis Authors: Rajan, S.S. / Shuvalova, L. / Yang, X. / Hussar, C. / Collart, F. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE Residue 149 is oxidized in chain B. |
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 103.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 84.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 465.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 479.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 30519.750 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Protein | Mass: 30551.750 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.66 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 2M Hexanediol, 0.2M CaCl2, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| ||||||||||||||||||
Detector |
| ||||||||||||||||||
Radiation |
| ||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→30 Å / Num. all: 21219 / Num. obs: 21219 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.039 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.45 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1239 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.918 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -2.259 Å / Origin y: -13.3203 Å / Origin z: 16.0012 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|