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- PDB-2qcx: Crystal structure of Bacillus subtilis TenA Y112F mutant complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qcx
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis TenA Y112F mutant complexed with formyl aminomethyl pyrimidine
要素Transcriptional activator tenA
キーワードHYDROLASE / Up-down Bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiaminase II / : / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PF1 / Aminopyrimidine aminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, Y. / Jenkins, A.L. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2008
タイトル: Mutagenesis studies on TenA: A thiamin salvage enzyme from Bacillus subtilis
著者: Jenkins, A.L. / Zhang, Y. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.
履歴
登録2007年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator tenA
B: Transcriptional activator tenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5284
ポリマ－61,1082
非ポリマー4202
水1,910106
1
A: Transcriptional activator tenA
B: Transcriptional activator tenA
ヘテロ分子

A: Transcriptional activator tenA
B: Transcriptional activator tenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0578
ポリマ－122,2164
非ポリマー8414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.625, 58.625, 296.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLYAA1 - 7728 - 104
21METMETGLYGLYBB1 - 7728 - 104
32LYSLYSASPASPAA101 - 220128 - 247
42LYSLYSASPASPBB101 - 220128 - 247
詳細The biological unit is a tetramer. The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: y, x, -z

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional activator tenA / Thiaminase II / Thiaminase-2


分子量: 30553.998 Da / 分子数: 2 / 変異: Y112F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: tenA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25052, aminopyrimidine aminohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-PF1 / N-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-N-(2-HYDROXYETHYL)FORMAMIDE


分子量: 210.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化pH: 4.1
詳細: 100 mM acetate pH 4.1, 0.6 - 1.0 M 1,6-hexanediol, 0.01 M CoCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 26664 / Num. obs: 26664 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1972 / Rsym value: 0.315 / Χ2: 0.671 / % possible all: 73.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1yaf

1yaf


解像度: 2.2→41.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 11.058 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2224 8.4 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.2 26547 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3703 0 30 106 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9541.9295231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5225450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50523.512205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46415611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.581520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.21906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22680
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.491.52298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83723562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05331880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6284.51669
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A780MEDIUM POSITIONAL0.130.5
2B832LOOSE POSITIONAL0.4210
3A780MEDIUM THERMAL0.442
4B832LOOSE THERMAL0.5420
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 134 -
Rwork0.224 1287 -
obs-1421 71.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11610.23560.26351.51350.69833.6090.00790.02930.06820.0436-0.0413-0.0086-0.2535-0.13170.0333-0.15140.05540.0151-0.13940.009-0.1618-14.4424-6.930222.4118
22.6594-0.31740.44882.6818-0.03714.1432-0.00110.1666-0.2793-0.08040.0299-0.43340.56880.966-0.0288-0.14150.16560.02250.2371-0.0601-0.00029.0491-20.65859.555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 22028 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 22628 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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