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- PDB-5xp8: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xp8 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 4A5 on the guide strand | |||||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Argonaute / miRNA / bulge / mismatch | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, J.D. / Wang, Y. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes. Authors: Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J. / Wang, Y. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 309.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 245.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 465.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5xouC ![]() 5xowC ![]() 5xpaC ![]() 5xpgC ![]() 5xq2C ![]() 4kpyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 76728.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: TT_P0026 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: DNA chain | Mass: 6901.473 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: DNA chain | Mass: 5708.726 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#4: DNA chain | Mass: 901.648 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#5: Chemical |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 308 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2.6 M Na-acetate, pH 7.0, 0.1M Tris-Cl, pH 7.4 and 0.2 M glycine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: AREA DETECTOR / Date: Dec 8, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. obs: 25862 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.6 % / Net I/σ(I): 9.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4KPY Resolution: 3.1→45.2 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→45.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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