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- PDB-5xp8: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xp8
タイトルCrystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 4A5 on the guide strand
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*C*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3')
  • TtAgo
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Argonaute / miRNA / bulge / mismatch
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
paz domain - #50 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...paz domain - #50 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, J.D. / Wang, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of China31571335 中国
Natural Science Foundation of China31630015 中国
Natural Science Foundation of China91440201 中国
the Chinese Ministry of Science and Technology2014CB910102 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes.
著者: Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J. / Wang, Y.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TtAgo
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*C*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3137
ポリマ－90,2414
非ポリマー733
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.140, 202.140, 202.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 TtAgo / Uncharacterized protein


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_P0026 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3')


分子量: 6901.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*C*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 5708.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*T)-3')


分子量: 901.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.6 M Na-acetate, pH 7.0, 0.1M Tris-Cl, pH 7.4 and 0.2 M glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 25862 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 9.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPY

4kpy


解像度: 3.1→45.2 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1313 5.08 %
Rwork0.214 --
obs0.217 25862 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5091 714 3 0 5808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0226033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6338350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7072210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1014-3.22560.36091380.31972667X-RAY DIFFRACTION99
3.2256-3.37230.33271780.31612647X-RAY DIFFRACTION99
3.3723-3.550.37841220.31512683X-RAY DIFFRACTION99
3.55-3.77240.35631260.29562705X-RAY DIFFRACTION99
3.7724-4.06350.33511410.24262688X-RAY DIFFRACTION99
4.0635-4.47210.23731580.17392708X-RAY DIFFRACTION99
4.4721-5.11840.25741450.16042732X-RAY DIFFRACTION99
5.1184-6.44570.271520.20492778X-RAY DIFFRACTION99
6.4457-45.20470.22661530.17722941X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22270.13330.11010.14640.11120.08290.21730.0154-0.45140.07140.0614-0.11990.1726-0.09980.29950.06090.2747-0.07630.270.16960.4656-0.0988-59.1393-7.3227
20.02580.00360.02670.056-0.01170.05-0.0965-0.0313-0.02420.0552-0.003-0.1142-0.0299-0.0075-0.04450.21620.13820.03170.18780.11360.446720.0249-32.2992-28.0656
30.0405-0.06740.02020.0879-0.01420.06980.0472-0.0638-0.0195-0.01580.0618-0.09940.0142-0.06330.2460.03710.13870.02670.12270.01180.08661.3383-38.3655-15.9858
40.1864-0.01690.11710.1576-0.16370.2303-0.0118-0.43480.04070.1932-0.2133-0.0828-0.4419-0.1738-0.8010.10290.4665-0.1901-0.1760.5032-0.19667.1911-26.627214.9766
50.0625-0.01280.0190.0009-0.00410.0120.04990.1758-0.07070.0504-0.023-0.02750.02280.0232-0.00620.34590.0395-0.00030.37610.09670.22864.2929-27.7765-2.7276
60.00750.0014-0.00480.0129-0.01320.02080.03890.0338-0.006-0.0367-0.03230.0021-0.0006-0.0035-0.01420.650.37450.01640.72790.33010.732415.8062-44.9553-1.4914
70.00050.0006-0.00040.00130.00150.00460.01350.0082-0.003-0.010.00970.0048-0.00250.002600.87-0.15980.01120.7170.02190.730511.0895-58.21686.6243
80.1179-0.072-0.05710.1834-0.03180.1058-0.05490.03780.01580.0126-0.021-0.04060.0629-0.0685-0.02440.66320.1502-0.11120.43080.12450.356730.305-41.102-23.39
90.0088-0.00750.00790.0081-0.00770.00860.0021-0.02270.0023-0.0107-0.009-0.0041-0.0140.002100.3513-0.01-0.0080.4135-0.18430.34315.13-33.708-2.073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 175 THROUGH 229 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 230 THROUGH 315 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 316 THROUGH 685 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 10 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'E' AND (RESID 11 THROUGH 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'E' AND (RESID 16 THROUGH 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 19 THROUGH 21 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'F' AND (RESID 4 THROUGH 18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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