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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y6h | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of LIPDF | |||||||||
要素 | Peptide deformylase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / open and close conformation / PDF | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-translational protein modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Leptospira interrogans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, Z. / Song, X. / Li, Y. / Gong, W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Unique structural characteristics of peptide deformylase from pathogenic bacterium Leptospira interrogans 著者: Zhou, Z. / Song, X. / Li, Y. / Gong, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y6h.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y6h.ent.gz | 68.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/1y6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/1y6h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20274.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア) 遺伝子: def / プラスミド: PET22B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93LE9, peptide deformylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | ChemComp-GLY / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3 詳細: 4M Sodium Formate, pH 3.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.54 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月1日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: OSCILLATION / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 21439 / Num. obs: 20110 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→25.14 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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