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- PDB-1y14: Crystal structure of yeast subcomplex of Rpb4 and Rpb7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y14
タイトルCrystal structure of yeast subcomplex of Rpb4 and Rpb7
要素
  • DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide
  • DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription initiation / P-body / mRNA processing / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily ...RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / S1 domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Armache, K.-J. / Mitterweger, S. / Meinhart, A. / Cramer, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structures of Complete RNA Polymerase II and Its Subcomplex, Rpb4/7
著者: Armache, K.-J. / Mitterweger, S. / Meinhart, A. / Cramer, P.
履歴
登録2004年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide
B: DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide
C: DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide
D: DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0364
ポリマ－81,0364
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide
B: DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5182
ポリマ－40,5182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
3
C: DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide
D: DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5182
ポリマ－40,5182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.646, 114.810, 80.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide / B32 / Rpb4


分子量: 21436.705 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 35-221 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20433, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide / B16 / Rpb7


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34087, DNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.228 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4622 0 0 154 4776

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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