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- PDB-1xx2: Refinement of P99 beta-lactamase from Enterobacter cloacae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xx2
タイトルRefinement of P99 beta-lactamase from Enterobacter cloacae
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / CLASS C BETA-LACTAMASE / CEPHALOSPORINASE / PENICILLINASE / AMPC / ENTEROBACTER CLOACAE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / SERINE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Knox, J.R. / Sun, T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystallographic structure of a phosphonate derivative of the Enterobacter cloacae P99 cephalosporinase: mechanistic interpretation of a beta-lactamase transition-state analog.
著者: Lobkovsky, E. / Billings, E.M. / Moews, P.C. / Rahil, J. / Pratt, R.F. / Knox, J.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Evolution of an enzyme activity: crystallographic structure at 2-A resolution of cephalosporinase from the ampC gene of Enterobacter cloacae P99 and comparison with a class A penicillinase.
著者: Lobkovsky, E. / Moews, P.C. / Liu, H. / Zhao, H. / Frere, J.M. / Knox, J.R.
履歴
登録2004年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年11月23日ID: 2BLT
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月12日Group: Database references
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5402
ポリマ－78,5402
非ポリマー00
水7,927440
1
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2701
ポリマ－39,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2701
ポリマ－39,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.50, 83.47, 95.46
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39269.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacter cloacae (バクテリア) / 株: P99 / 参照: UniProt: P05364, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 8000, SODIUM CACODYLATE, MgCl2, NaN3, pH 6.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年2月29日 / 詳細: pinholes
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→100 Å / Num. obs: 51415 / % possible obs: 0.91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 51415 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 0.537

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
X-GENデータ削減
PHASES位相決定
CNS精密化
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: pdb entry 2BLT

2blt
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.88→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2293 -RANDOM
Rwork0.175 ---
all-45635 --
obs-45635 77.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 0.419 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.252 Å0.205 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.234 Å0.193 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5502 0 0 440 5942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.325
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.94
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.88-20.28961980.2423380739
2-2.150.25613160.2131655767
2.15-2.360.25424120.2054771879
2.36-2.70.24344170.1916845986
2.7-3.380.22334690.1781929695
3.38-100.17124810.1438979899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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