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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xvr | ||||||
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タイトル | echinomycin (CGTACG)2 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA/ANTIBIOTIC / BISINTERCALATOR / HOOGSTEEN BASEPAIR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / THIOACETAL / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | Echinomycin / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES ECHINATUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Structures of Complexes between Echinomycin and Duplex DNA. 著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xvr.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xvr.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xvr_validation.pdf.gz | 436.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xvr_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xvr_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xvr_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/1xvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/1xvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質・ペプチド | タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 由来: (天然) STREPTOMYCES ECHINATUS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01126, Echinomycin #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-QUI / タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2 詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 参照: Echinomycin #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: MPD, MGCL2, MES, SPERMINE-HCL, PH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 285K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日 |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→16.5 Å / Num. obs: 10857 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.0546 / Rsym value: 0.0546 / Net I/σ(I): 12.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 4.87 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→16.5 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 4 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→16.5 Å
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