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万見
- PDB-1xte: crystal structure of CISK-PX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xte
タイトルcrystal structure of CISK-PX domain
要素Serine/threonine-protein kinase Sgk3
キーワードTRANSFERASE / CISK / PX domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / phosphatidylinositol binding / recycling endosome / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...Stimuli-sensing channels / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / phosphatidylinositol binding / recycling endosome / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / early endosome / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Sgk3, catalytic domain / CISK, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase Sgk3, catalytic domain / CISK, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase Sgk3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Xing, Y. / Liu, D. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Songyang, Z. / Xu, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of membrane targeting by the Phox homology domain of cytokine-independent survival kinase (CISK-PX)
著者: Xing, Y. / Liu, D. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Songyang, Z. / Xu, W.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0231
ポリマ－18,0231
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.954, 74.954, 51.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Sgk3 / CISK-PX DOMAIN / Serum/glucocorticoid regulated kinase 3 / Serum/glucocorticoid regulated kinase- ...CISK-PX DOMAIN / Serum/glucocorticoid regulated kinase 3 / Serum/glucocorticoid regulated kinase-like / Cytokine independent survival kinase


分子量: 18023.299 Da / 分子数: 1
断片: sequence database residues 7-160: contains PX domain (residues 12-124)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cisk / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ERE3, EC: 2.7.1.37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: sodium citrate, sodium malonate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11501
21501
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97934
シンクロトロンAPS 19-ID20.97933
検出器
タイプID検出器日付
ANL-ECD1CCD2002年8月19日
CUSTOM-MADE2CCD2002年10月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.979331
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 18760 / Num. obs: 18760 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 1855 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 791671.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1398 7.8 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 17839 93.8 %-
all-18760 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.6644 Å2 / ksol: 0.378731 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数961 0 0 149 1110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.822.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 191 7.3 %
Rwork0.219 2434 -
obs--84.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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