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- PDB-1xt8: Crystal Structure of Cysteine-Binding Protein from Campylobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xt8
タイトルCrystal Structure of Cysteine-Binding Protein from Campylobacter jejuni at 2.0 A Resolution
要素putative amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transport / cysteine uptake / amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein / Campylobacter jejuni / SPINE / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / : / Amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Muller, A. / Thomas, G.H. / Horler, R. / Brannigan, J.A. / Blagova, E. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: An ATP-binding cassette-type cysteine transporter in Campylobacter jejuni inferred from the structure of an extracytoplasmic solute receptor protein.
著者: Muller, A. / Thomas, G.H. / Horler, R. / Brannigan, J.A. / Blagova, E. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Regarding residues -23 to 0, predicted Campylobacter jejuni leader peptide ...SEQUENCE Regarding residues -23 to 0, predicted Campylobacter jejuni leader peptide MKKILLSVLTAFVAVVLAA in the database sequence was replaced by pelB leader peptide MKYLLPTAAAGLLLLAAQPAMAMA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein
B: putative amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2345
ポリマ－64,9002
非ポリマー3343
水5,837324
1
A: putative amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6923
ポリマ－32,4501
非ポリマー2422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: putative amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5422
ポリマ－32,4501
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.863, 88.787, 72.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-537-

HOH

21A-563-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 putative amino-acid transporter periplasmic solute-binding protein / Cysteine-Binding Protein


分子量: 32449.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: Cj0982c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: GenBank: 15792309, UniProt: Q0P9S0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, NaCl, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月6日 / 詳細: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 30084 / Num. obs: 30084 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1158 / % possible all: 60.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WDN

1wdn


解像度: 2→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 9.25 / SU ML: 0.136 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 1518 5.1 %RANDOM
Rwork0.17738 ---
all0.18011 28444 --
obs0.18011 28444 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å2-2.61 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3944 0 20 324 4288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.9665432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78638531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3745497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93526.186194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51215742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.23682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.53220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1191.51026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69624005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30431811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9584.51427
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 92 -
Rwork0.245 1644 -
obs-1644 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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