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万見
- PDB-4k2o: The Structure of a Triple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k2o
タイトルThe Structure of a Triple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain
要素T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PH and coiled coil domain / phosphoinositide binding / protein-protein interaction / Par-3 / tight junctions
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell-cell contact zone / activation of GTPase activity / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / small GTPase-mediated signal transduction ...regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell-cell contact zone / activation of GTPase activity / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of protein binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / kinase binding / cell-cell junction / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / protein-containing complex assembly / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #680 / TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding ...Helix Hairpins - #680 / TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Helix Hairpins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Helix non-globular / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Special / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joshi, M. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: High-resolution structure of the Tiam1 PHn-CC-Ex domain.
著者: Joshi, M. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1841
ポリマ－31,1841
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.831, 80.127, 97.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-879-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1 / TIAM-1


分子量: 31183.926 Da / 分子数: 1 / 断片: PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702) / 変異: K596A, K597A, K598A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIAM1 / Plasmid details: contains GB1-rTEV fusion / プラスミド: modified pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q13009
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, 20% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→36.915 Å / Num. obs: 16074 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 36.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2293 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K2P

4k2p


解像度: 2.15→36.915 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.76 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 807 5.01 %
Rwork0.1759 --
obs0.1781 16067 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 0 103 1954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3492544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.699696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.21940.33821250.25032644X-RAY DIFFRACTION99
2.2194-2.29870.33071240.25322606X-RAY DIFFRACTION99
2.2987-2.39070.28611440.21712584X-RAY DIFFRACTION99
2.3907-2.49950.27571460.20182621X-RAY DIFFRACTION99
2.4995-2.63130.28211500.18982615X-RAY DIFFRACTION100
2.6313-2.79610.23591700.17742602X-RAY DIFFRACTION99
2.7961-3.01180.24331400.18282597X-RAY DIFFRACTION100
3.0118-3.31480.23151150.17552679X-RAY DIFFRACTION100
3.3148-3.7940.22711270.16642615X-RAY DIFFRACTION100
3.794-4.77840.15791350.14462642X-RAY DIFFRACTION100
4.7784-36.92090.18961440.16862640X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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