PDB-1xrg: Conserved hypothetical protein from Clostridium thermocellum Cth-2968

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xrg

タイトル

Conserved hypothetical protein from Clostridium thermocellum Cth-2968

要素

Putative translation initiation inhibitor, yjgF family

キーワード

structural genomics / unknown function / conserved hypothetical protein / Clostridium thermocellum / protein structure initiative / PSI / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhao, M. / Chang, J. / Habel, J. / Kataeva, I. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein from Clostridium thermocellum Cth-2968
著者: Zhao, M. / Chang, J. / Habel, J. / Kataeva, I. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. / Florence, Q. / Zhou, W. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Arendall ...

履歴

登録	2004年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xrg.cif.gz	87.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xrg.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1xrg_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xrg_full_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示
XML形式データ	1xrg_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	1xrg_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/1xrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/1xrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ani-d 3wux-d 7e6q-2 3ewf-3 4zox-d 7af2-d 3r0p-1 1rh9-d 5mum-d 4ozu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Cth-2968

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative translation initiation inhibitor, yjgF family

B: Putative translation initiation inhibitor, yjgF family

C: Putative translation initiation inhibitor, yjgF family

51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.436, 80.436, 137.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Putative translation initiation inhibitor, yjgF family 分子量: 17035.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48859893, UniProt: A3DJ68*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 30 v/v% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 30510 / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.821

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	0.169	3022	1.294	100
2.18-2.26	0.151	2966	1.496	100
2.26-2.37	0.138	3030	1.65	100
2.37-2.49	0.121	2989	1.684	100
2.49-2.65	0.111	3032	1.953	100
2.65-2.85	0.095	3029	2.186	100
2.85-3.14	0.081	3026	2.389	99.9
3.14-3.59	0.066	3067	2.111	99.9
3.59-4.52	0.058	3108	1.669	99.9
4.52-30	0.048	3241	1.772	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.8 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.32 / 反射: 5342

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
11.84-20	0.33	336
8.11-11.84	0.36	462
6.53-8.11	0.39	581
5.61-6.53	0.38	655
4.99-5.61	0.34	737
4.54-4.99	0.28	805
4.2-4.54	0.24	855
3.92-4.2	0.27	911

Phasing dm

FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.59 / 反射: 26585 / Reflection acentric: 23575 / Reflection centric: 3010

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-19.896	0.9	0.9	0.81	1214	882	332
3.9-6.3	0.89	0.91	0.78	3629	3050	579
3.1-3.9	0.83	0.84	0.75	4447	3908	539
2.8-3.1	0.67	0.68	0.6	4455	4003	452
2.4-2.8	0.49	0.5	0.39	7938	7220	718
2.2-2.4	0.35	0.35	0.25	4902	4512	390

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
反復単波長異常分散		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.897 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.208 / SU B: 4.383 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2248	825	3.104 %	thin shells
R_work	0.1925	-	-	-
all	0.194	-	-	-
obs	0.19353	26579	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.273 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.019 Å²	-0.009 Å²	0 Å²
2-	-	-0.019 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.897 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3031	0	17	57	3105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.985	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.763	3	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.47	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.088	26.667	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.214	15	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.039	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.078	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.171	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.657	2	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.683	2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.675	3	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.123	3	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.868	2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.846	2	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.093	3	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.855	3	3994

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.294	66	0.182	1837	1903	100
2.257-2.318	0.239	66	0.195	1809	1876	99.947
2.318-2.384	0.33	33	0.189	1774	1810	99.834
2.384-2.456	0.254	66	0.195	1732	1799	99.944
2.456-2.535	0.241	66	0.187	1652	1719	99.942
2.535-2.623	0.283	33	0.191	1609	1646	99.757
2.623-2.72	0.246	66	0.212	1560	1631	99.693
2.72-2.829	0.226	33	0.203	1515	1550	99.871
2.829-2.952	0.285	62	0.211	1441	1511	99.471
2.952-3.093	0.239	37	0.217	1391	1434	99.582
3.093-3.256	0.245	33	0.207	1320	1361	99.412
3.256-3.447	0.228	33	0.214	1258	1303	99.079
3.447-3.677	0.208	56	0.202	1181	1249	99.039
3.677-3.961	0.191	43	0.172	1091	1143	99.213
3.961-4.322	0.134	33	0.168	1026	1067	99.25
4.322-4.804		0	0.146	970	979	99.081
4.804-5.494	0.185	33	0.18	840	876	99.658
5.494-6.604	0.292	33	0.203	740	773	100
6.604-8.864	0.16	33	0.2	586	621	99.678
8.864-19.897		0	0.223	422	424	99.528

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