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- PDB-7e6q: Crystal structure of influenza A virus neuraminidase N5 complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e6q
タイトルCrystal structure of influenza A virus neuraminidase N5 complexed with 4'-phenyl-1,2,3-triazolylated oseltamivir carboxylate
要素Neuraminidase
キーワードHYDROLASE / Influenza virus / Neuraminidase inhibitors / Oseltamivir derivatives / 150-cavity
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HZF / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, P.F. / Babayemi, O.O. / Li, C.N. / Fu, L.F. / Zhang, S.S. / Qi, J.X. / Lv, X. / Li, X.B.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2021
タイトル: Structure-based design of 5'-substituted 1,2,3-triazolylated oseltamivir derivatives as potent influenza neuraminidase inhibitors.
著者: Wang, P. / Oladejo, B.O. / Li, C. / Fu, L. / Zhang, S. / Qi, J. / Lv, X. / Li, X.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6339
ポリマ－87,0642
非ポリマー1,5697
水1,40578
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4275
ポリマ－43,5321
非ポリマー8954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
2
B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2064
ポリマ－43,5321
非ポリマー6743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.064, 109.064, 71.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 43531.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Duck/Alberta/60/1976 H12N5) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Alberta/60/1976 H12N5 / 遺伝子: NA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A1ILL9, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-HZF / (3R,4R,5S)-4-acetamido-3-pentan-3-yloxy-5-(4-phenyl-1,2,3-triazol-1-yl)cyclohexene-1-carboxylic acid


分子量: 412.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 12% w/v Polyethylene glycol 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 42631 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / Num. unique obs: 40762

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SAN

3san


解像度: 2.2→32.37 Å / SU ML: 0.2138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 34.0087
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 2064 5.07 %
Rwork0.207 38649 -
obs0.2085 40713 95.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 104 78 6266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00856342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21528607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0693929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.92542254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.32531160.29152157X-RAY DIFFRACTION80.66
2.25-2.310.33241070.2732249X-RAY DIFFRACTION82.84
2.31-2.370.29221490.26872293X-RAY DIFFRACTION85.86
2.37-2.440.34751260.26072417X-RAY DIFFRACTION90.66
2.44-2.520.36341430.26932530X-RAY DIFFRACTION94.55
2.52-2.610.28521500.26452638X-RAY DIFFRACTION98.52
2.61-2.710.29831380.25172676X-RAY DIFFRACTION99.36
2.71-2.830.27971490.24412686X-RAY DIFFRACTION99.51
2.83-2.980.30731500.23272663X-RAY DIFFRACTION99.72
2.98-3.170.20251380.23252705X-RAY DIFFRACTION99.93
3.17-3.410.26191280.21462716X-RAY DIFFRACTION99.82
3.41-3.760.22421260.19512723X-RAY DIFFRACTION99.89
3.76-4.30.17951430.16112697X-RAY DIFFRACTION99.79
4.3-5.410.15791660.14322712X-RAY DIFFRACTION99.86
5.42-32.370.18171350.18052787X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.894632189214-0.0245031170322-0.06099470547430.6707879934470.0047781774940.230258487994-0.008117249333890.0296751147043-0.0389403091641-0.01105916131760.000369881564617-0.1721655174240.01044743682770.02154698077730.009360361216570.218961556346-0.00265714135206-0.0121046730620.235648449666-0.005741790611890.288275172061137.02547735106.063166701-22.3872720608
20.81631134593-0.111312458149-0.1279258970830.531352803239-0.274001999670.359623549983-0.0750130467033-0.1329286491590.2820181205670.177194802624-0.0324471376814-0.0868722447472-0.0644182045869-0.04536713238320.09309548748390.3621332078150.0125622684372-0.06340474754210.351527663896-0.1111918211850.316898882487162.34787580982.79034941817.76032561103
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 82 - 982 / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain AAA - E
22chain BBF - I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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