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- PDB-1xdk: Crystal Structure of the RARbeta/RXRalpha Ligand Binding Domain H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdk
タイトルCrystal Structure of the RARbeta/RXRalpha Ligand Binding Domain Heterodimer in Complex with 9-cis Retinoic Acid and a Fragment of the TRAP220 Coactivator
要素
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
  • Retinoic acid receptor, beta
  • Thyroid Receptor Associated Protein 220
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / Nuclear Receptor / Coactivator / Ligand / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Generic Transcription Pathway / nuclear receptor binding => GO:0016922 / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine metabolism / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors ...Generic Transcription Pathway / nuclear receptor binding => GO:0016922 / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine metabolism / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / visceral serous pericardium development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / embryonic eye morphogenesis / mesenchyme development / positive regulation of translational initiation by iron / Endogenous sterols / glandular epithelial cell development / maternal placenta development / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / growth plate cartilage development / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / negative regulation of cartilage development / multicellular organism development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / retinoic acid-responsive element binding / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Cytoprotection by HMOX1 / embryonic digestive tract development / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / Estrogen-dependent gene expression / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / striatum development / cardiac muscle cell differentiation / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / thyroid hormone generation / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / embryonic heart tube development / camera-type eye development / neural precursor cell proliferation / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / nuclear vitamin D receptor binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / lens development in camera-type eye / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / nuclear thyroid hormone receptor binding / mammary gland epithelial cell proliferation / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / regulation of myelination / ureteric bud development / megakaryocyte development / nuclear steroid receptor activity / histone acetyltransferase binding / cellular response to steroid hormone stimulus / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / LBD domain binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / monocyte differentiation / transcription factor binding / general transcription initiation factor binding / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic placenta development / negative regulation of keratinocyte proliferation / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / animal organ regeneration / erythrocyte development / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / heart morphogenesis / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to retinoic acid
類似検索 - 分子機能
Retinoic acid receptor / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Retinoic acid receptor / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / Retinoic acid receptor beta / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pogenberg, V. / Guichou, J.F. / Vivat-Hannah, V. / Kammerer, S. / Perez, E. / Germain, P. / De Lera, A.R. / Gronemeyer, H. / Royer, C.A. / Bourguet, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: CHARACTERIZATION OF THE INTERACTION BETWEEN RAR/RXR HETERODIMERS AND TRANSCRIPTIONAL COACTIVATORS THROUGH STRUCTURAL AND FLUORESCENCE ANISOTROPY STUDIES
著者: Pogenberg, V. / Guichou, J.F. / Vivat-Hannah, V. / Kammerer, S. / Perez, E. / Germain, P. / De Lera, A.R. / Gronemeyer, H. / Royer, C.A. / Bourguet, W.
履歴
登録2004年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月16日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor, beta
C: Thyroid Receptor Associated Protein 220
D: Thyroid Receptor Associated Protein 220
E: Retinoic acid receptor RXR-alpha
F: Retinoic acid receptor, beta
G: Thyroid Receptor Associated Protein 220
H: Thyroid Receptor Associated Protein 220
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,75712
ポリマ－127,5558
非ポリマー1,2024
水21612
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor, beta
C: Thyroid Receptor Associated Protein 220
D: Thyroid Receptor Associated Protein 220
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3796
ポリマ－63,7784
非ポリマー6012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
2
E: Retinoic acid receptor RXR-alpha
F: Retinoic acid receptor, beta
G: Thyroid Receptor Associated Protein 220
H: Thyroid Receptor Associated Protein 220
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3796
ポリマ－63,7784
非ポリマー6012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15120 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area38470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.7, 115.7, 247.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha


分子量: 26579.727 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rxra, Nr2b1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28700
#2: タンパク質 Retinoic acid receptor, beta / RAR-beta


分子量: 33978.113 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rarb, Nr1b2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22605
#3: タンパク質・ペプチド
Thyroid Receptor Associated Protein 220 / TRAP220


分子量: 1609.910 Da / 分子数: 4 / 断片: Nuclear Receptor Box 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Mus musculus (mouse).
参照: UniProt: Q8BX19, UniProt: Q925J9*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Sodium Formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→36.21 Å / Num. obs: 42989 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TRUNCATED VERSION OF PDB ENTRY 1DKF

1dkf


解像度: 2.9→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1372 3.2 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 42989 99.6 %-
all-43207 --
溶媒の処理Bsol: 53.7918 Å2 / ksol: 0.345913 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.57 Å214.54 Å20 Å2
2--15.57 Å20 Å2
3----31.14 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.56 Å / Luzzati sigma a free: 0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7582 0 88 12 7682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.87
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 220 3.1 %
Rwork0.412 6791 -
obs--99.4 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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