PDB-1t06: 1.9 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function from Bac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1t06

タイトル

1.9 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function from Bacillus cereus ATCC 14579

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Bacillus cereus / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Armadillo-type fold / DNA alkylation repair protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.9A crystal structure of a hypothetical protein from Bacillus cereus ATCC 14579
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2004年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1t06.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1t06.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1t06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zbo-d 3wd6-6 1xdk-2 1xdk-1 3wd6-5 3lfl-2 4dcj-d 4dm6-d 6sqy-1 4lmx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC24929

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.959, 89.112, 121.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

This protein may existed in dimmer, MolA and MolB present the dimmer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 26512.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81BA8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.2M NH4SO4, 20% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 75781 / Num. obs: 72674 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.18
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 7550 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.97 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 359598.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	3493	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.196	70510	92.7 %	-
all	-	76062	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 38.222 Å² / k_sol: 0.305658 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.28 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.24 Å	0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3714	0	0	405	4119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	19.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.74

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.02 Å / R_factor R_free error: 0.015 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	424	4.7 %
R_work	0.296	8587	-
obs	-	-	71.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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