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- PDB-1wrv: Crystal Structure of T.th.HB8 Branched-Chain Amino Acid Aminotran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wrv
タイトルCrystal Structure of T.th.HB8 Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
要素Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / hexamer / PLP-dependent enzyme / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate biosynthetic process / L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV ...Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Goto, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of T.th.HB8 Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
著者: Goto, M. / Miyahara, I. / Hirotsu, K.
履歴
登録2004年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
B: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
C: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,65814
ポリマ－102,2193
非ポリマー1,43911
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
B: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
C: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子

A: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
B: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
C: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,31528
ポリマ－204,4386
非ポリマー2,87722
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area35670 Å2
ΔGint-336 kcal/mol
Surface area50070 Å2
手法PISA
3
A: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子

C: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0669
ポリマ－68,1462
非ポリマー9207
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
手法PQS
4
C: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子

A: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0669
ポリマ－68,1462
非ポリマー9207
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
手法PQS
5
B: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子

B: Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,18410
ポリマ－68,1462
非ポリマー1,0388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)143.410, 143.410, 116.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase / IlvE


分子量: 34072.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5SM19, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: NaCl, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.96 Å / Num. all: 192751 / Num. obs: 171549 / % possible obs: 89 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3259499.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 16911 9.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 170262 88.8 %-
all-191362 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.1304 Å2 / ksol: 0.524713 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6987 0 88 312 7387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.042.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 2684 10 %
Rwork0.248 24221 -
obs--85.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMCNS_LOCAL:TOP.WAT
X-RAY DIFFRACTION3CNS_LOCAL:PARAM.PLPCNS_LOCAL:TOP.PLP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_LOCAL:PARAM.ETCINTSHIFF.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MPD.PARAMMPD.TOP
X-RAY DIFFRACTION6ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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