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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pc1 | ||||||
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Title | Elongation Factor Tu:Ts complex with a bound phosphate | ||||||
![]() | (Elongation factor ...) x 2 | ||||||
![]() | TRANSLATION / G:GEF complex / elongation factor / Protein synthesis | ||||||
Function / homology | ![]() guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thirup, S.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural outline of the detailed mechanism for elongation factor Ts-mediated guanine nucleotide exchange on elongation factor Tu. Authors: Thirup, S.S. / Van, L.B. / Nielsen, T.K. / Knudsen, C.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 745.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 632.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 485.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 493.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pc2C ![]() 4pc3C ![]() 4pc6C ![]() 4pc7C ![]() 1tuiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Elongation factor ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43340.465 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 30332.795 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1410 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PB.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PB.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-TRS / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100 mM Hepes,22% PEG 6000, 150mM NaCl, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 10, 1995 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9215 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→68.8 Å / Num. obs: 118029 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 2.7 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.2 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: dev_1593) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Starting model: PDB ENTRY 1TUI Resolution: 1.95→68.786 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→68.786 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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