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万見
- PDB-1iyd: CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHELICHIA COLI BRANCHED-CHAIN AMINO ACID A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iyd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ESCHELICHIA COLI BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
要素BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / HEXAMER / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV ...Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTARIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hirotsu, K. / Goto, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of branched-chain amino Acid aminotransferase complexed with glutamate and glutarate: true reaction intermediate and double substrate recognition of the enzyme.
著者: Goto, M. / Miyahara, I. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. / Hirotsu, K.
履歴
登録2002年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
B: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
C: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5339
ポリマ－102,3953
非ポリマー1,1386
水5,603311
1
A: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
B: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
C: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
B: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
C: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,06518
ポリマ－204,7906
非ポリマー2,27612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area30110 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area54130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.27, 99.02, 138.63
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE


分子量: 34131.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pUC119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AB80, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, HEPES, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
140 mg/mlprotein1drop
242 %(v/v)PEG4001drop
3200 mM1dropMgCl2
450 mMglutamate1drop
5100 mMsodium HEPES1droppH7.5
650 %(v/v)PEG4001reservoir
7100 mMglutarate1reservoir
850 mMglutamate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.96 Å / Num. all: 58165 / Num. obs: 58165 / % possible obs: 99.5 %
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 324820 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.242 5763
Rwork0.205 -
all-58165
obs-56634
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7086 0 72 311 7469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.96 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.22 Å / Rfactor Rfree: 0.306 / Rfactor Rwork: 0.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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