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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pc6 | ||||||
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Title | Elongation factor Tu:Ts complex with bound GDPNP | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSLATION / G:GEF:nucleotide complex / Elongation factor / Protein synthesis | ||||||
Function / homology | ![]() guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thirup, S.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural outline of the detailed mechanism for elongation factor Ts-mediated guanine nucleotide exchange on elongation factor Tu. Authors: Thirup, S.S. / Van, L.B. / Nielsen, T.K. / Knudsen, C.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 514.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 425.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pc1SC ![]() 4pc2C ![]() 4pc3C ![]() 4pc7C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43340.465 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 30332.795 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100mM MES, 18% PEG 6000, 5% glycerol, 152mM NH4CH3COO, 0.5mM GDPNP, 0.5mM pulvomycin, 5mM EDTA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 292 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→29.6 Å / Num. obs: 79003 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.0103 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.5 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: dev_1702) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4PC1 Resolution: 2.2→29.542 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→29.542 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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