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万見
- PDB-1we0: Crystal structure of peroxiredoxin (AhpC) from Amphibacillus xylanus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1we0
タイトルCrystal structure of peroxiredoxin (AhpC) from Amphibacillus xylanus
要素alkyl hydroperoxide reductase C
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / AhpC
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / peroxiredoxin activity / peroxidase activity / response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Alkyl hydroperoxide reductase C / Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Amphibacillus xylanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kitano, K. / Kita, A. / Hakoshima, T. / Niimura, Y. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of decameric peroxiredoxin (AhpC) from Amphibacillus xylanus
著者: Kitano, K. / Kita, A. / Hakoshima, T. / Niimura, Y. / Miki, K.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1999
タイトル: Stimulation of peroxidase activity by decamerization related to ionic strength: AhpC protein from Amphibacillus xylanus
著者: Kitano, K. / Niimura, Y. / Nishiyama, Y. / Miki, K.
履歴
登録2004年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alkyl hydroperoxide reductase C
B: alkyl hydroperoxide reductase C
C: alkyl hydroperoxide reductase C
D: alkyl hydroperoxide reductase C
E: alkyl hydroperoxide reductase C
F: alkyl hydroperoxide reductase C
G: alkyl hydroperoxide reductase C
H: alkyl hydroperoxide reductase C
I: alkyl hydroperoxide reductase C
J: alkyl hydroperoxide reductase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,66712
ポリマ－206,63110
非ポリマー362
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.216, 79.319, 104.449
Angle α, β, γ (deg.)77.22, 82.33, 80.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a decamer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
alkyl hydroperoxide reductase C / Peroxiredoxin / AhpC


分子量: 20663.092 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amphibacillus xylanus (バクテリア)
プラスミド: pAHNO2.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: O87200, UniProt: K0J4Q8*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 6000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12901
22901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B21
検出器
タイプID検出器
FUJI1IMAGE PLATE
FUJI2IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 46092 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 55.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.235 4581
Rwork0.208 -
obs-45388
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12980 0 2 0 12982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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