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- PDB-1wc7: FAB FRAGMENT OF PLP-DEPENDENT CATALYTIC ANTIBODY 15A9 IN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wc7
タイトルFAB FRAGMENT OF PLP-DEPENDENT CATALYTIC ANTIBODY 15A9 IN COMPLEX WITH PHOSPHOPYRIDOXYL-L-ALANINE
要素
  • FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
  • FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
キーワードANTIBODY / CATALYTIC ANTIBODY / TRANSAMINATION / PYRIDOXAL-PHOSPHATE / PHOSPHOPYRIDOXYL-L-ALANINE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IODIDE ION / ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Christen, P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a Pseudomerohedrally Twinned Monoclinic Crystal Form of a Pyridoxal Phosphate-Dependent Catalytic Antibody
著者: Golinelli-Pimpaneau, B.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Monoclonal Antibodies Against N-Alpha-(5'-Phosphopyridoxyl)-L-Lysine.
著者: Gramatikova, S.I. / Christen, P.
履歴
登録2004年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
H: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,66910
ポリマ－95,7144
非ポリマー9556
水2,144119
1
A: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4315
ポリマ－47,8572
非ポリマー5743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
H: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2385
ポリマ－47,8572
非ポリマー3813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.476, 81.691, 79.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9997, 0.0248, -0.0076), (-0.0249, -0.9996, 0.0166), (-0.0072, 0.0167, 0.9998)57.1568, 3.485, -39.542
2given(-0.9996, 0.0204, -0.0193), (-0.0208, -0.9996, 0.019), (-0.0189, 0.0194, 0.9996)57.849, 3.276, -38.8874

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要素

#1: 抗体 FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN


分子量: 23355.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 15A9 MURINE HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C
#2: 抗体 FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN


分子量: 24501.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 15A9 MURINE HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-PP3 / ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / VITAMIN B6 COMPLEXED WITH ALANINE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン


分子量: 320.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG 3350, 200MM SODIUM REMARK 280 IODIDE, 50MM SODIUM ACETATE, PH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 34338 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.31 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FAB 15A9 IN COMPLEX WITH PPL-L-LYSINE

15a9


解像度: 2.33→20 Å / Num. parameters: 26448 / Num. restraintsaints: 35417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3086 1713 5 %RANDOM
all0.2234 34285 --
obs0.2222 -98.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 6611
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6465 0 26 119 6610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0229
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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