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- PDB-1wa7: SH3 DOMAIN OF HUMAN LYN TYROSINE KINASE IN COMPLEX WITH A HERPESV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wa7
タイトルSH3 DOMAIN OF HUMAN LYN TYROSINE KINASE IN COMPLEX WITH A HERPESVIRAL LIGAND
要素
  • HYPOTHETICAL 28.7 KDA PROTEIN IN DHFR 3'REGION (ORF1)
  • TYROSINE-PROTEIN KINASE LYN
キーワードSH3 DOMAIN / LIGAND / TYROSINE KINASE / SIGNAL TRANSDUCTION / LYN / TIP / PROTO-ONCOGENE / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of dendritic cell apoptotic process ...C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / regulation of B cell receptor signaling pathway / tolerance induction to self antigen / integrin alpha2-beta1 complex / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of mast cell proliferation / negative regulation of mast cell proliferation / glycosphingolipid binding / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of mast cell degranulation / platelet degranulation / phosphorylation-dependent protein binding / : / regulation of platelet aggregation / dendritic cell differentiation / regulation of B cell apoptotic process / oligodendrocyte development / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / Signaling by Erythropoietin / histamine secretion by mast cell / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Platelet Adhesion to exposed collagen / CD28 co-stimulation / negative regulation of immune response / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / CD22 mediated BCR regulation / gamma-tubulin binding / platelet-derived growth factor receptor binding / response to carbohydrate / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / EPH-Ephrin signaling / toll-like receptor 4 signaling pathway / Regulation of KIT signaling / postsynaptic specialization, intracellular component / CTLA4 inhibitory signaling / leukocyte migration / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / EPHA-mediated growth cone collapse / Dectin-2 family / negative regulation of B cell proliferation / mitochondrial crista / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / Fc-epsilon receptor signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / B cell homeostasis / FCGR activation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / response to axon injury / ephrin receptor signaling pathway / fatty acid transport / response to amino acid / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / hematopoietic progenitor cell differentiation / Erythropoietin activates RAS / Growth hormone receptor signaling / cellular response to retinoic acid / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of glial cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / GPVI-mediated activation cascade / regulation of cytokine production / T cell costimulation / EPHB-mediated forward signaling / viral process / ephrin receptor binding / CD209 (DC-SIGN) signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / erythrocyte differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / response to hormone / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of MAP kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / Regulation of signaling by CBL / Cell surface interactions at the vascular wall / phosphoprotein binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase Lyn / Tyrosine-protein kinase-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SAIMIRIINE HERPESVIRUS 2 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / XPLOR
データ登録者Bauer, F. / Schweimer, K. / Hoffmann, S. / Roesch, P. / Sticht, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural Investigation of the Binding of a Herpesviral Protein to the SH3 Domain of Tyrosine Kinase Lck.
著者: Schweimer, K. / Hoffmann, S. / Bauer, F. / Friedrich, U. / Kardinal, C. / Feller, S.M. / Biesinger, B. / Sticht, H.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-PROTEIN KINASE LYN
B: HYPOTHETICAL 28.7 KDA PROTEIN IN DHFR 3'REGION (ORF1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7742
ポリマ－9,7742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 TYROSINE-PROTEIN KINASE LYN


分子量: 7374.357 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES 39-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: INTRACELLULAR / プラスミド: PGEX-6P-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07948, EC: 2.7.1.112
#2: タンパク質・ペプチド HYPOTHETICAL 28.7 KDA PROTEIN IN DHFR 3'REGION (ORF1) / TIP


分子量: 2399.724 Da / 分子数: 1
断片: TYROSINE KINASE INTERACTION PROTEIN, RESIDUES 170-191
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SAIMIRIINE HERPESVIRUS 2 (ヘルペスウイルス)
株: 488 / Variant: SUBGROUP C / プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22575

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-EDITED NOESY
1213D 15N- EDITED NOESY
2323D 13C- EDITED NOESY
2423D 15N-EDITED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED LYNSH3 AND TIP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% WATER/10% D2O, 2.5 MMOL/L
290% WATER/10% D2O, 1.5 MMOL/L
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1150 mM6.41.0 atm298.0 K
2150 mM6.41.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
NMRView構造決定
精密化手法: XPLOR / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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