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- PDB-3t4r: Lettuce Necrotic Yellow Virus Phosphoprotein C-Terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t4r
タイトルLettuce Necrotic Yellow Virus Phosphoprotein C-Terminal Domain
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Helical bundle / Nucleoprotein
機能・相同性Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1590 / : / Lettuce necrotic yellow virus phosphoprotein C-terminal domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / virion component / host cell cytoplasm / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Lettuce necrotic yellows virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Martinez, N. / Tarbouriech, N. / Jamin, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the C-terminal domain of lettuce necrotic yellows virus phosphoprotein.
著者: Martinez, N. / Ribeiro, E.A. / Leyrat, C. / Tarbouriech, N. / Ruigrok, R.W. / Jamin, M.
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5802
ポリマ－9,5551
非ポリマー241
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.280, 43.280, 89.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-82-

MG

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要素

#1: タンパク質 Phosphoprotein / Protein P / Protein 4a


分子量: 9555.391 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lettuce necrotic yellows virus (ウイルス)
株: isolate 318 / 遺伝子: P / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL / 参照: UniProt: Q9E7N7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50 mM Na Cacodylate, 40 mM Magnesium Acetate, 10% MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.6 Å / Num. obs: 6220 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.56 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.62
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique all: 813 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 14.241 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29351 288 4.6 %RANDOM
Rwork0.22614 ---
all0.22922 ---
obs0.22922 5923 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.189 Å0.188 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数577 0 1 22 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.022582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0642.001793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.941575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.60626.92326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.88415106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.797151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0261.5363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7422586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9843219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5884.5205
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 16 -
Rwork0.29 430 -
obs-813 99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.71150.8802-3.63122.8366-0.89499.80710.02820.2866-0.3206-0.3195-0.1878-0.0773-0.2079-0.39790.1595-0.01470.0042-0.01980.18570.00850.06665.57615.60142.215
217.05826.507-4.85415.9722-2.16779.21660.5687-0.98471.4648-0.1393-0.18930.3171-0.87460.227-0.37940.11940.00910.00710.1936-0.04190.14686.86424.85844.987
311.6935-0.43011.059719.9456-2.325711.31740.0775-0.1379-0.9778-0.1937-0.09080.11920.64980.56370.01340.07620.02920.00040.2910.03880.112513.62812.42941.702
419.2671.68956.928717.56094.671918.20560.9593-1.5353-2.60020.594-0.42910.31151.6381-0.5796-0.53020.1608-0.0183-0.09520.5350.27160.326711.0478.59251.403
516.923120.5449.35946.216517.58511.65820.615-0.35750.9386-0.3122-0.9533-0.7335-1.6714-1.11340.33830.5458-0.00140.0580.32360.02370.145922.05227.94551.71
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3A30 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4A46 - 59
5X-RAY DIFFRACTION5A60 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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