[日本語] English
万見
- PDB-1w3w: The 2.1 Angstroem resolution structure of annexin A8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w3w
タイトルThe 2.1 Angstroem resolution structure of annexin A8
要素ANNEXIN A8
キーワードCOAGULATION / ANNEXIN FAMILY / CALCIUM AND PHOSPHOLIPID BINDING PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase A2 activity / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / endosome organization / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / vesicle membrane / endosomal transport / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding ...negative regulation of phospholipase A2 activity / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / endosome organization / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / vesicle membrane / endosomal transport / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / sarcolemma / actin filament binding / blood coagulation / late endosome membrane / : / calcium ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A8 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A8 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Rety, S. / Sopkova-De Oliveira Santos, J. / Renouard, M. / Lewit-Bentley, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Crystal Structure of Annexin A8 is Similar to that of Annexin A3
著者: Rety, S. / Sopkova-De Oliveira Santos, J. / Dreyfuss, L. / Blondeau, K. / Hofbauerova, K. / Raguenes-Nicol, C. / Kerboeuf, D. / Renouard, M. / Russo-Marie, F. / Lewit-Bentley, A.
履歴
登録2004年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANNEXIN A8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9672
ポリマ－36,9271
非ポリマー401
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.761, 65.581, 59.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ANNEXIN A8 / ANNEXIN VIII / VASCULAR ANTICOAGULANT-BETA / VAC-BETA


分子量: 36927.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE N-TERMINAL 16 RESIDUES HAD BEEN CLEAVED BY PROTEOLYSIS
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLACENTA / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13928
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化詳細: 50MM CACODYLATE PH=6, 10MM CACL2, 45% (W/V) AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.964
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月14日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24 Å / Num. obs: 22712 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.52 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AXN

1axn


解像度: 1.99→23.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.396 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1304 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 24304 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→23.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2445 0 1 114 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.9783334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78835296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4875310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.22359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0660.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3010.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.51542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48822477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2073938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.944.5857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 106
Rwork0.221 1649

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る