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- PDB-1w2d: Human Inositol (1,4,5)-trisphosphate 3-kinase complexed with Mn2+... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w2d
タイトルHuman Inositol (1,4,5)-trisphosphate 3-kinase complexed with Mn2+/ADP/Ins(1,3,4,5)P4
要素INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A
キーワードTRANSFERASE / INOSITOL PHOSPHATE KINASE / ADP / IP4
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance ...inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / cellular response to calcium ion / regulation of synaptic plasticity / small GTPase binding / response to calcium ion / actin cytoskeleton organization / dendritic spine / cytoskeleton / calmodulin binding / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Inositol-trisphosphate 3-kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Gonzalez, B. / Schell, M.J. / Irvine, R.F. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of a Human Inositol 1,4,5-Trisphosphate 3-Kinase; Substrate Binding Reveals Why It is not a Phosphoinositide 3-Kinase
著者: Gonzalez, B. / Schell, M.J. / Letcher, A.J. / Veprintsev, D.B. / Irvine, R.F. / Williams, R.L.
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A
B: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,10411
ポリマ－60,8512
非ポリマー2,2539
水4,666259
1
A: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6006
ポリマ－30,4261
非ポリマー1,1745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5045
ポリマ－30,4261
非ポリマー1,0784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.054, 97.411, 190.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2059-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.21043, 0.59706, 0.77411), (0.58557, -0.55709, 0.58886), (0.78283, 0.57721, -0.23239)
ベクター: -61.594, 8.6267, 56.443)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A / INOSITOL 1 / 4 / 5-TRISPHOSPHATE 3-KINASE / IP3-3K


分子量: 30425.650 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 197-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P23677, EC: 2.1.7.127

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非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.82 M NA CITRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M TRIS PH 8.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→49.51 Å / Num. obs: 48642 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.83 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.5537
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 6.32 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.94→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.26 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2453 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.228 46068 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 127 259 4524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.023919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7512.0025865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98139090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9465511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.24599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22444
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3070.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0881.52547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86624083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64531792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9994.51782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.372 179
Rwork0.284 3383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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