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- PDB-5ohj: Human phosphodiesterase 4B catalytic domain in complex with a pyr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ohj
タイトルHuman phosphodiesterase 4B catalytic domain in complex with a pyrrolidinyl inhibitor.
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
キーワードHYDROLASE / human phosphodiesterase 4B / pyrrolidinyl inhibitor / PDE4B
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / cAMP catabolic process / excitatory synapse / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel regulator activity / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-2 production / Z disc / positive regulation of type II interferon production / synaptic vesicle / cellular response to xenobiotic stimulus / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / centrosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9VE / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rizzi, A. / Carzaniga, L. / Armani, E.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and Optimization of Thiazolidinyl and Pyrrolidinyl Derivatives as Inhaled PDE4 Inhibitors for Respiratory Diseases.
著者: Carzaniga, L. / Amari, G. / Rizzi, A. / Capaldi, C. / De Fanti, R. / Ghidini, E. / Villetti, G. / Carnini, C. / Moretto, N. / Facchinetti, F. / Caruso, P. / Marchini, G. / Battipaglia, L. / ...著者: Carzaniga, L. / Amari, G. / Rizzi, A. / Capaldi, C. / De Fanti, R. / Ghidini, E. / Villetti, G. / Carnini, C. / Moretto, N. / Facchinetti, F. / Caruso, P. / Marchini, G. / Battipaglia, L. / Patacchini, R. / Cenacchi, V. / Volta, R. / Amadei, F. / Pappani, A. / Capacchi, S. / Bagnacani, V. / Delcanale, M. / Puccini, P. / Catinella, S. / Civelli, M. / Armani, E.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5248
ポリマ－96,8852
非ポリマー1,6396
水2,972165
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2624
ポリマ－48,4431
非ポリマー8193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2624
ポリマ－48,4431
非ポリマー8193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.270, 55.730, 225.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B / DPDE4 / PDE32


分子量: 48442.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4B, DPDE4 / プラスミド: pFastbac1:PDE4B UCR / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-9VE / [(1~{S})-2-[3,5-bis(chloranyl)-1-oxidanyl-pyridin-1-ium-4-yl]-1-[4-[bis(fluoranyl)methoxy]-3-(cyclopropylmethoxy)phenyl]ethyl] (2~{S})-1-[3-(dimethylcarbamoyl)phenyl]sulfonylpyrrolidine-2-carboxylate


分子量: 729.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H34Cl2F2N3O8S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Drops comprised 2microliters protein solution mixed with reservoir buffer consisting of 100mM sodium acetate pH 4.5, 14% PEG400 and 50mM calcium acetate. After 2 days they were streak seeded ...詳細: Drops comprised 2microliters protein solution mixed with reservoir buffer consisting of 100mM sodium acetate pH 4.5, 14% PEG400 and 50mM calcium acetate. After 2 days they were streak seeded with crystals obtained from rolipram complex seed stock. Crystals, up to 100 microns in largest dimension, grew from precipitate after 1-2 weeks. Crystals were transferred to a cryoprotectant solution (100mM sodium acetate pH 4.5, 14% PEG400, 50mM calcium acetate and 20% glycerol) then flash-frozen prior to X-ray data collection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→29.61 Å / Num. obs: 85681 / % possible obs: 77.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2246 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.149 / % possible all: 28.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: dimer of the catalytic domain of PDE4D

解像度: 1.6→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.208 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21153 4027 5 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.18549 76169 86.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5421 0 100 165 5686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.9427678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8095673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50724.947281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.715989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.021527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 143 -
Rwork0.255 2725 -
obs--42.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4536-0.0469-0.28620.6214-0.05921.402-0.01390.0417-0.06470.0359-0.00690.0330.0115-0.03550.02080.0032-0.0035-0.00020.0643-0.02380.0276-20.6811-15.00618.0595
20.8089-0.0707-0.0761.3662-0.09421.36990.0145-0.0020.0805-0.01020.01850.0024-0.1435-0.0137-0.0330.04440.00190.0090.091-0.01960.03293.69568.596738.3654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A323 - 744
2X-RAY DIFFRACTION2B324 - 745

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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