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- PDB-1f0j: CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 4B2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0j
タイトルCATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 4B2B
要素PHOSPHODIESTERASE 4B
キーワードHYDROLASE / PDE phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / excitatory synapse / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to epinephrine stimulus / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-2 production / calcium channel regulator activity / Z disc / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of type II interferon production / synaptic vesicle / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / centrosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Xu, R.X. / Hassell, A.M. / Vanderwall, D. / Lambert, M.H. / Holmes, W.D. / Luther, M.A. / Rocque, W.J. / Milburn, M.V. / Zhao, Y. / Ke, H. / Nolte, R.T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Atomic structure of PDE4: insights into phosphodiesterase mechanism and specificity.
著者: Xu, R.X. / Hassell, A.M. / Vanderwall, D. / Lambert, M.H. / Holmes, W.D. / Luther, M.A. / Rocque, W.J. / Milburn, M.V. / Zhao, Y. / Ke, H. / Nolte, R.T.
履歴
登録2000年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHODIESTERASE 4B
B: PHOSPHODIESTERASE 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19511
ポリマ－86,6412
非ポリマー5549
水13,601755
1
A: PHOSPHODIESTERASE 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6356
ポリマ－43,3211
非ポリマー3145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHODIESTERASE 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5605
ポリマ－43,3211
非ポリマー2404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.540, 159.580, 109.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1598-

HOH

21A-1602-

HOH

31B-1532-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHODIESTERASE 4B / PDE4B


分子量: 43320.656 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: S487A, S489A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: MONOCYTE / 細胞株 (発現宿主): TRICHOPLUSIA NI / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素


分子量: 74.922 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
一般名: PEG3000 / 詳細: precipitant

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X12C11.08
シンクロトロンAPS 17-ID21
検出器
ID検出器日付
1CCD1998年7月26日
2CCD1998年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.081
211
反射解像度: 1.77→18 Å / Num. all: 88540 / Num. obs: 88528 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Num. unique all: 8765 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.77→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 321063.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2541 97 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.204 88540 --
obs0.204 84546 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4609 Å2 / ksol: 0.365825 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å20 Å20 Å2
2---4.71 Å20 Å2
3---2.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5554 0 9 755 6318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 12326 96.8 %
Rwork0.255 407 -
obs--87.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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