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- PDB-1vyo: Crystal structure of avidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyo
タイトルCrystal structure of avidin
要素AVIDIN
キーワードGLYCOPROTEIN / BIOTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Airenne, T.T. / Johnson, M.S. / Salminen, T.A.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Binding Properties of Haba-Type Azo Derivatives to Avidin and Avidin-Related Protein 4.
著者: Repo, S. / Paldanius, T.A. / Hytonen, V.P. / Nyholm, T.K. / Halling, K.K. / Huuskonen, J. / Pentikainen, O.T. / Rissanen, K. / Slotte, J.P. / Airenne, T.T. / Salminen, T.A. / Kulomaa, M.S. / Johnson, M.S.
履歴
登録2004年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AVIDIN
B: AVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2758
ポリマ－28,7222
非ポリマー5536
水2,684149
1
A: AVIDIN
B: AVIDIN
ヘテロ分子

A: AVIDIN
B: AVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,55016
ポリマ－57,4454
非ポリマー1,10512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area12110 Å2
ΔGint-58.1 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.949, 78.772, 43.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.2391, 0.971, 0.0016), (0.971, 0.2391, -0.0037), (-0.004, 0.0007, -1)
ベクター: 0.0169, 0.0719, 14.8821)

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要素

#1: タンパク質 AVIDIN


分子量: 14361.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02701
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: THE BIOLOGICAL FUNCTION OF AVIDIN IS NOT KNOWN. FORMS A STRONG NON-COVALENT SPECIFIC ...FUNCTION: THE BIOLOGICAL FUNCTION OF AVIDIN IS NOT KNOWN. FORMS A STRONG NON-COVALENT SPECIFIC COMPLEX WITH BIOTIN (ONE MOLECULE OF BIOTIN PER SUBUNIT OF AVIDIN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Equal volumes (1 ul) of protein (0.5 mg/ml) in 50 mM Na acetate (pH 4) + 20 mM NaCl and well solution of 0.1 M MES (pH 6.6) + 24% PEG 8000 + 0.2 M Mg acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.804
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→20 Å / Num. obs: 41811 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.48→1.58 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AVD

1avd


解像度: 1.48→19.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.213 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PEPTIDE BONDS BETWEEN RESIDUES A41 AND A42 AND BETWEEN B41 AND B42 HAVE BEEN DETERMINED TO BE CIS- BONDS. THESE RESIDUES ARE NOT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PEPTIDE BONDS BETWEEN RESIDUES A41 AND A42 AND BETWEEN B41 AND B42 HAVE BEEN DETERMINED TO BE CIS- BONDS. THESE RESIDUES ARE NOT EXPECTED TO ADOPT THE CIS- CONFORMATION. THIS IS DUE TO THE POOR ELECTRON DENSITY IN THESE REGIONS OF THE ELECTRON DENSITY MAP. RESIDUES 34-46 OF BOTH CHAINS FORM LOOPS WITH TWO ALTERNATE CONFORMATIONS. BOTH ALTERNATE CONFORMATIONS CAN BE DETERMINED FOR RESIDUES 34-36 AND 42-46, BUT DUE TO POOR ELECTRON DENSITY RESIDUES 37-41 CAN BE ASSIGNED ONLY A SINGLE CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2091 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 39720 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→19.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1905 0 36 149 2090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.9242887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84934477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9725257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2570.22260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3030.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.71.51285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22622114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0133849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2464.5773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 152
Rwork0.254 2878
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7193-1.07471.85857.32884.24087.92310.12450.2604-0.158-0.6367-0.06830.0551-0.0939-0.1316-0.05620.1457-0.0046-0.00040.18110.04020.1539-3.45416.029-8.855
22.7157-0.6074-2.0201-2.3362-0.82519.12220.0724-0.2556-0.1887-0.04430.08220.3024-0.0972-0.2961-0.15460.314-0.049-0.01160.27340.01370.282516.6310.30823.692
32.824-0.7272-0.65852.4720.16042.3247-0.0537-0.13290.17320.24740.0376-0.085-0.16890.04350.01610.1190.0169-0.0170.0919-0.00070.1117-7.89921.0988.321
42.41310.02820.29733.2377-0.78741.902-0.01310.11850.0345-0.0093-0.0988-0.269-0.08770.26240.11190.0323-0.0155-0.02180.17820.02590.146522.608-2.1565.725
51.1466-0.11270.30491.2939-0.04953.283-0.0388-0.02260.10760.1080.0334-0.0002-0.3145-0.04910.00540.03730.01770.0010.04580.00350.067-8.76513.988.801
662.416548.467.495978.852-38.012245.6776-0.1495-0.2498-1.4287-0.0179-0.3422-2.36010.64041.61840.49170.3773-0.0462-0.00020.3438-0.02240.34086.74822.81118.486
72.18870.98890.61024.30451.11121.8954-0.01520.11550.041-0.04750.0201-0.0694-0.11140.059-0.00490.00270.00930.00860.06220.01410.0351-2.8286.7082.494
81.2312-0.1023-0.33271.3649-0.32091.8257-0.0169-0.01820.06230.09940.011-0.0798-0.07260.14130.00590.0184-0.0042-0.01880.0616-0.00320.061612.239-2.0948.076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3A3 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 33
5X-RAY DIFFRACTION5A46 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6A85 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7A91 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8B46 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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