+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rav | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RECOMBINANT AVIDIN | ||||||
要素 | AVIDINアビジン | ||||||
キーワード | GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / AVIDIN (アビジン) / BIOTIN BINDING PROTEIN / CALYCINS / UP-AND-DOWN BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Rosano, C. / Arosio, P. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Biochemical characterization and crystal structure of a recombinant hen avidin and its acidic mutant expressed in Escherichia coli. 著者: Nardone, E. / Rosano, C. / Santambrogio, P. / Curnis, F. / Corti, A. / Magni, F. / Siccardi, A.G. / Paganelli, G. / Losso, R. / Apreda, B. / Bolognesi, M. / Sidoli, A. / Arosio, P. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Apo-Avidin from Hen Egg-White 著者: Pugliese, L. / Malcovati, M. / Coda, A. / Bolognesi, M. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Three-Dimensional Structures of Avidin and the Avidin-Biotin Complex 著者: Livnah, O. / Bayer, E.A. / Wilchek, M. / Sussman, J.L. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tetragonal Crystal Form of Egg-White Avidin in its Functional Complex with Biotin at 2.7 A Resolution 著者: Pugliese, L. / Coda, A. / Malcovati, M. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rav.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rav.ent.gz | 46.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rav.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rav | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14291.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02701 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: RECOMBINANT AVIDIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% W/V PEG 8000. PH 7.2 0.05 M TRIS BUFFER AT 22 C BY VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20.5 Å / Num. obs: 13827 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.7 Å / % possible all: 93.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48932 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AVE 解像度: 2.2→20.2 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.77 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|