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- PDB-3mm0: Crystal structure of chimeric avidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mm0
タイトルCrystal structure of chimeric avidin
要素Avidin, Avidin-related protein 4/5
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN / avidin / AVR4 / high affinity systems / hyper-thermostability
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Avidin / Avidin-related protein 4/5
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Livnah, O. / Eisenberg-Domovich, Y. / Maatta, J.A.E. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P. / Nordlund, H.R.
引用ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2011
タイトル: Chimeric avidin shows stability against harsh chemical conditions-biochemical analysis and 3D structure.
著者: Maatta, J.A. / Eisenberg-Domovich, Y. / Nordlund, H.R. / Hayouka, R. / Kulomaa, M.S. / Livnah, O. / Hytonen, V.P.
履歴
登録2010年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin, Avidin-related protein 4/5
B: Avidin, Avidin-related protein 4/5
C: Avidin, Avidin-related protein 4/5
D: Avidin, Avidin-related protein 4/5
E: Avidin, Avidin-related protein 4/5
F: Avidin, Avidin-related protein 4/5
G: Avidin, Avidin-related protein 4/5
H: Avidin, Avidin-related protein 4/5
I: Avidin, Avidin-related protein 4/5
K: Avidin, Avidin-related protein 4/5
M: Avidin, Avidin-related protein 4/5
N: Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,80312
ポリマ－172,80312
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Avidin, Avidin-related protein 4/5
B: Avidin, Avidin-related protein 4/5
C: Avidin, Avidin-related protein 4/5
D: Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6014
ポリマ－57,6014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
2
E: Avidin, Avidin-related protein 4/5
F: Avidin, Avidin-related protein 4/5
G: Avidin, Avidin-related protein 4/5
H: Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6014
ポリマ－57,6014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
3
I: Avidin, Avidin-related protein 4/5
K: Avidin, Avidin-related protein 4/5

I: Avidin, Avidin-related protein 4/5
K: Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6014
ポリマ－57,6014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
Buried area9930 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
4
M: Avidin, Avidin-related protein 4/5
N: Avidin, Avidin-related protein 4/5

M: Avidin, Avidin-related protein 4/5
N: Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6014
ポリマ－57,6014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.657, 124.791, 88.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11K
21N

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 123 / Label seq-ID: 7 - 124

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1KJ
2NL

-
要素

#1: タンパク質
Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量: 14400.254 Da / 分子数: 12
断片: P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82
変異: I141Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEE REMARK 999 FOR CHIMERA ASSEMBLY INFORMATION / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: AVR4, AVR5, AVD / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02701, UniProt: P56734
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS ENTRY IS A CHIMERA OF TWO GENES AVD AND AVR4. THE ASSEMBLY IS EXPRESSION TAG, P02701 25-61, ...THIS ENTRY IS A CHIMERA OF TWO GENES AVD AND AVR4. THE ASSEMBLY IS EXPRESSION TAG, P02701 25-61, P56734 62-82, P02701 85-152

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.3
詳細: 20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→94.42 Å / Num. all: 42677 / Num. obs: 42677 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AVI

2avi


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 40.947 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30929 2141 5 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.22592 40311 98.01 %-
all-40310 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.99 Å20 Å2-1.01 Å2
2--5.23 Å20 Å2
3----4.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10923 0 0 91 11014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.92315121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.71551380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.18223.631471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.69151849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0651566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.25518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.27385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.56887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.158211121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46734274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4174.54000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: K / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
464TIGHT POSITIONAL0.050.05
435MEDIUM POSITIONAL0.070.5
464TIGHT THERMAL0.160.5
435MEDIUM THERMAL0.232
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 131 -
Rwork0.312 2739 -
obs--90.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19330.08810.99560.6226-0.0532.3414-0.005-0.08740.0719-0.02520.094-0.0086-0.2122-0.0518-0.0890.04340.01180.04780.03230.02420.072646.68191.06212.5794
21.1046-0.753-0.45911.96570.24521.0369-0.0750.06230.00090.148-0.07080.09290.1418-0.01830.14580.04480.03030.03320.08140.00020.062666.0621-21.4603-26.9708
30.99720.30490.92250.57490.48891.7874-0.013-0.0281-0.0811-0.10980.06840.12750.1482-0.1793-0.05540.0773-0.0588-0.03880.05680.04030.062695.7977-61.5358-38.9081
40.5571-0.01-0.48151.378-0.21753.7651-0.07110.10120.1023-0.21860.01020.05531.1311-0.31790.06090.4066-0.059-0.01650.1154-0.01340.072875.294641.6295-6.098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1B4 - 123
3X-RAY DIFFRACTION1C3 - 123
4X-RAY DIFFRACTION1D3 - 123
5X-RAY DIFFRACTION2E4 - 123
6X-RAY DIFFRACTION2F3 - 123
7X-RAY DIFFRACTION2G3 - 123
8X-RAY DIFFRACTION2H3 - 123
9X-RAY DIFFRACTION3I3 - 123
10X-RAY DIFFRACTION3K3 - 123
11X-RAY DIFFRACTION4M3 - 123
12X-RAY DIFFRACTION4N3 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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