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- PDB-1vya: Identification and characterization of the first plant G-quadrupl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vya
タイトルIdentification and characterization of the first plant G-quadruplex binding protein encoded by the Zea mays L. nucleoside diphosphate1 gene, ZmNDPK1
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / G4-binding protein / NDPK / DNA metabolism / G-quadruplex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate biosynthetic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / protein hexamerization / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kopylov, M. / Stroupe, M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1149763 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: The Maize (Zea mays L.) Nucleoside Diphosphate Kinase1 (ZmNDPK1) Gene Encodes a Human NM23-H2 Homologue That Binds and Stabilizes G-Quadruplex DNA.
著者: Kopylov, M. / Bass, H.W. / Stroupe, M.E.
履歴
登録2014年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
I: Nucleoside diphosphate kinase
J: Nucleoside diphosphate kinase
K: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,92412
ポリマ－198,92412
非ポリマー00
水29,9591663
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
I: Nucleoside diphosphate kinase
K: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4626
ポリマ－99,4626
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16520 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
J: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4626
ポリマ－99,4626
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16620 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.962, 179.198, 88.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase


分子量: 16576.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 株: W23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: B4FK49*PLUS, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 12% PEG 8000, and 200 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 123697 / % possible obs: 96.31 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U8W

1u8w


解像度: 2.05→39.859 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2011 1700 1.37 %Random selection
Rwork0.1603 ---
obs0.1609 123697 96.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.059 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9006 Å2-0 Å2-2.9781 Å2
2---0.9921 Å2-0 Å2
3----1.9085 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14040 0 0 1663 15703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01320451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3845699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11030.25671000.20079573X-RAY DIFFRACTION91
2.1103-2.17840.26911000.18129766X-RAY DIFFRACTION93
2.1784-2.25630.24042000.17739806X-RAY DIFFRACTION94
2.2563-2.34660.21741000.17569964X-RAY DIFFRACTION94
2.3466-2.45340.23782000.175410012X-RAY DIFFRACTION95
2.4534-2.58270.211000.172110203X-RAY DIFFRACTION96
2.5827-2.74450.21482000.16910142X-RAY DIFFRACTION97
2.7445-2.95630.21521000.175310377X-RAY DIFFRACTION98
2.9563-3.25370.18961110.165310465X-RAY DIFFRACTION99
3.2537-3.72430.20451890.155210509X-RAY DIFFRACTION100
3.7243-4.6910.15251000.129610587X-RAY DIFFRACTION100
4.691-39.86640.16892000.146710593X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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