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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vya | ||||||
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タイトル | Identification and characterization of the first plant G-quadruplex binding protein encoded by the Zea mays L. nucleoside diphosphate1 gene, ZmNDPK1 | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / G4-binding protein / NDPK / DNA metabolism / G-quadruplex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / nucleoside triphosphate biosynthetic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / protein hexamerization / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / DNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kopylov, M. / Stroupe, M.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Maize (Zea mays L.) Nucleoside Diphosphate Kinase1 (ZmNDPK1) Gene Encodes a Human NM23-H2 Homologue That Binds and Stabilizes G-Quadruplex DNA. 著者: Kopylov, M. / Bass, H.W. / Stroupe, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 328.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 508.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 534.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 85.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 121.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1u8wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16576.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 12% PEG 8000, and 200 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 123697 / % possible obs: 96.31 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1U8W 解像度: 2.05→39.859 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.059 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.859 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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