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Yorodumi- PDB-3mpd: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from encephali... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mpd | ||||||
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Title | Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from encephalitozoon cuniculi, cubic form, apo | ||||||
Components | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / ENCEPHALITOZOON CUNICULI / KINASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Encephalitozoon cuniculi (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from encephalitozoon cuniculi Authors: Gardberg, A. / Edwards, T.E. / Staker, B. / SSGCID | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mpd.cif.gz | 135.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mpd.ent.gz | 106.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mpd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mpd_validation.pdf.gz | 441.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mpd_full_validation.pdf.gz | 441.8 KB | Display | |
Data in XML | 3mpd_validation.xml.gz | 15 KB | Display | |
Data in CIF | 3mpd_validation.cif.gz | 21.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1nsqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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-Components
#1: Protein | Mass: 16980.691 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Encephalitozoon cuniculi (fungus) / Gene: ECU06_1530, HM-1:IMSS, NDK1 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8SRM7, nucleoside-diphosphate kinase #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: PACT SCREEN CONDITION F8: 100MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 20% PEG 3350, 200 MM NA2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 0.9765 / Wavelength: 0.9765 Å | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2010 | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.08→33.57 Å / Num. all: 28061 / Num. obs: 27311 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 33.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20.88 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.13 Å / Redundancy: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 2051 / % possible all: 95.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1NSQ (Drosophila NDP kinase) Resolution: 2.08→33.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.51 / SU ML: 0.091 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.139 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.08→33.57 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 504 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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