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- PDB-4u81: MEK1 Kinase bound to small molecule inhibitor G659 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u81
タイトルMEK1 Kinase bound to small molecule inhibitor G659
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Kinase / Complex / Inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of muscle contraction ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of muscle contraction / labyrinthine layer development / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / melanosome transport / type B pancreatic cell proliferation / central nervous system neuron differentiation / Signaling by MAP2K mutants / vesicle transport along microtubule / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / triglyceride homeostasis / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / endodermal cell differentiation / face development / MAP kinase kinase activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / Bergmann glial cell differentiation / Uptake and function of anthrax toxins / thyroid gland development / protein kinase activator activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / response to axon injury / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / neuron projection morphogenesis / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to glucocorticoid / thymus development / protein serine/threonine kinase activator activity / Signal transduction by L1 / cell motility / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / chemotaxis / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular senescence / MAPK cascade / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / cell cortex / perikaryon / response to oxidative stress / microtubule / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / positive regulation of cell migration / axon / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3EY / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Robarge, K.D. / Ultsch, M.H. / Weismann, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Structure based design of novel 6,5 heterobicyclic mitogen-activated protein kinase kinase (MEK) inhibitors leading to the discovery of imidazo[1,5-a] pyrazine G-479.
著者: Robarge, K.D. / Lee, W. / Eigenbrot, C. / Ultsch, M. / Wiesmann, C. / Heald, R. / Price, S. / Hewitt, J. / Jackson, P. / Savy, P. / Burton, B. / Choo, E.F. / Pang, J. / Boggs, J. / Yang, A. / ...著者: Robarge, K.D. / Lee, W. / Eigenbrot, C. / Ultsch, M. / Wiesmann, C. / Heald, R. / Price, S. / Hewitt, J. / Jackson, P. / Savy, P. / Burton, B. / Choo, E.F. / Pang, J. / Boggs, J. / Yang, A. / Yang, X. / Baumgardner, M.
履歴
登録2014年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8314
ポリマ－37,9301
非ポリマー9013
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.083, 82.083, 129.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 37929.625 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 62-393) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: E. coli / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / プラスミド: pET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3EY / 8-[(4-cyclopropyl-2-fluorophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-7-carboxamide


分子量: 370.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19FN4O3
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: The protein was concentrated to 15mg/ml and incubated with 10 fold molar excess inhibitor plus 1mM MgAMP-PNP before crystallization. MEK1 crystals grew from hanging drop vapor diffusion using ...詳細: The protein was concentrated to 15mg/ml and incubated with 10 fold molar excess inhibitor plus 1mM MgAMP-PNP before crystallization. MEK1 crystals grew from hanging drop vapor diffusion using 12% w/v PEG 8000, 0.4M NH4H2PO4 and 0.1M HEPES pH 6.9 at 18 degC.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月5日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 13584 / Num. obs: 13584 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 56.95 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 30.2 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S9J

1s9j


解像度: 2.701→19.716 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 659 4.85 %Random selection
Rwork0.167 ---
obs0.1694 13579 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→19.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2261 0 59 35 2355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1723202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.47893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.701-2.90850.28881380.23122582X-RAY DIFFRACTION100
2.9085-3.20.29111410.21622566X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.66050.23341160.18592581X-RAY DIFFRACTION100
3.6605-4.60220.1751430.14152576X-RAY DIFFRACTION100
4.6022-5.60.20961210.14922615X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.74560.1158-2.37692.16580.82184.0735-0.0790.24740.3529-0.1479-0.01350.1295-0.7654-0.78380.04260.70690.2032-0.1220.4698-0.12380.424629.07326.7415-30.0152
22.58830.5175-0.72212.8998-0.17553.6284-0.06850.2025-0.1193-0.5644-0.14970.1226-0.22480.04880.18390.51690.113-0.03070.2719-0.06820.348434.08823.1699-15.8609
30.8319-0.5364-1.4010.72170.16823.8874-0.204-0.30610.098-0.2427-0.01260.0601-0.918-0.24260.07760.67320.1707-0.05130.4378-0.02840.446131.390332.1879-4.1674
42.418-0.10160.00394.02611.62533.5773-0.199-0.3531-0.88690.2957-0.14690.52140.5736-0.22640.29640.56480.10310.0950.35960.10230.597426.521714.77672.0599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 61 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 241 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 242 through 382 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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