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- PDB-1vlw: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlw
タイトルCrystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
要素2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
キーワードLYASE / TM0066 / 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXOGLUTARATE ALDOLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


D-galactonate catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity
類似検索 - 分子機能
KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1863
ポリマ－71,1863
非ポリマー00
水2,162120
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7291
ポリマ－23,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7291
ポリマ－23,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7291
ポリマ－23,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1863
ポリマ－71,1863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.543, 113.194, 128.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 202 / Label seq-ID: 16 - 214

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase


分子量: 23728.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WXS1, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase, 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月12日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.14 Å / Num. obs: 25311 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1556 / Rsym value: 0.681 / % possible all: 82.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1eua

1eua


解像度: 2.3→34.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 15.777 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO RESIDUE 17,40,69,129 AND 178 IN ALL THREE CHAINS. DISULFIDE BOND BETWEEN CYS165-CYS203 LOOKS PARTIAL WITH ALTERNATE CONFORMATIONS PRESENT BUT UNMODELLED. POTENTIAL ...詳細: UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO RESIDUE 17,40,69,129 AND 178 IN ALL THREE CHAINS. DISULFIDE BOND BETWEEN CYS165-CYS203 LOOKS PARTIAL WITH ALTERNATE CONFORMATIONS PRESENT BUT UNMODELLED. POTENTIAL DISULFIDE BOND BETWEEN CYS76-CYS100. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22106 1286 5.1 %RANDOM
Rwork0.17663 ---
obs0.17887 24015 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4650 0 0 120 4770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.9726404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.846310472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4895613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.61925.029171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.73115850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.24425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22843
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.89333177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.54231265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.81254923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.73881793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.578111481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1380.21
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2925 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.440.5
2Bmedium positional0.60.5
3Cmedium positional0.50.5
1Amedium thermal0.922
2Bmedium thermal0.952
3Cmedium thermal0.932
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 82 5.3 %
Rwork0.274 1466 -
obs--81.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0878-0.33050.19882.6459-0.8012.476-0.0729-0.12420.1028-0.06010.0651-0.06580.1212-0.01810.0077-0.08970.04880.0512-0.09930.0179-0.079125.120213.21247.9098
21.1009-0.0616-0.23461.3263-0.38791.8201-0.00180.0332-0.04810.01160.02220.1415-0.0210.2174-0.0205-0.13530.0103-0.0405-0.0574-0.0519-0.082223.996324.74683.687
30.63340.2358-0.12713.0418-0.92592.1237-0.0703-0.1003-0.11660.0557-0.0157-0.01490.0954-0.04160.086-0.04330.04830.0331-0.05070.0251-0.051117.50778.3739113.4198
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 4 - 202 / Label seq-ID: 16 - 214

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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