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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vi5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribosomal protein S2P | ||||||
![]() | 30S ribosomal protein S2P | ||||||
![]() | RIBOSOME / structural genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 90S preribosome / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Structural GenomiX | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project 著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT KNOWN. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1o60C ![]() 1o61C ![]() 1o62C ![]() 1o63C ![]() 1o64C ![]() 1o65C ![]() 1o66C ![]() 1o67C ![]() 1o68C ![]() 1o69C ![]() 1o6bC ![]() 1o6cC ![]() 1o6dC ![]() 1vgtC ![]() 1vguC ![]() 1vgvC ![]() 1vgwC ![]() 1vgxC ![]() 1vgyC ![]() 1vgzC ![]() 1vh0C ![]() 1vh1C ![]() 1vh2C ![]() 1vh3C ![]() 1vh4C ![]() 1vh5C ![]() 1vh6C ![]() 1vh7C ![]() 1vh8C ![]() 1vh9C ![]() 1vhaC ![]() 1vhcC ![]() 1vhdC ![]() 1vheC ![]() 1vhfC ![]() 1vhgC ![]() 1vhjC ![]() 1vhkC ![]() 1vhlC ![]() 1vhmC ![]() 1vhoC ![]() 1vhqC ![]() 1vhsC ![]() 1vhtC ![]() 1vhuC ![]() 1vhvC ![]() 1vhwC ![]() 1vhxC ![]() 1vhyC ![]() 1vhzC ![]() 1vi0C ![]() 1vi1C ![]() 1vi2C ![]() 1vi3C ![]() 1vi4C ![]() 1vi6C ![]() 1vi8C ![]() 1vi9C ![]() 1viaC ![]() 1vicC ![]() 1vimC ![]() 1viqC ![]() 1visC ![]() 1viuC ![]() 1vivC ![]() 1vixC ![]() 1viyC ![]() 1vizC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23663.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.65→54.7 Å / Num. all: 33692 / Num. obs: 33692 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Se-Met MAD phasing / 解像度: 2.65→54.7 Å / σ(F): 0 /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Babinet bulk solvent correction / Bsol: 490 Å2 / ksol: 0.966 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.612 Å2
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Refine Biso | クラス: all / Treatment: isotropic | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→54.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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