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万見
- PDB-1vd2: Solution Structure of the PB1 domain of PKCiota -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vd2
タイトルSolution Structure of the PB1 domain of PKCiota
要素Protein kinase C, iota type
キーワードTRANSFERASE / Kinase / PB1 domain / OPCA motif / aPKC / ZIP/p62 / MEK5 / molecular recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi vesicle budding / PAR polarity complex / Tight junction interactions / establishment of apical/basal cell polarity / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / eye photoreceptor cell development / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Schmidt-Lanterman incisure / cellular response to chemical stress ...Golgi vesicle budding / PAR polarity complex / Tight junction interactions / establishment of apical/basal cell polarity / protein kinase C / negative regulation of glial cell apoptotic process / eye photoreceptor cell development / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Schmidt-Lanterman incisure / cellular response to chemical stress / membrane organization / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cell-cell junction organization / tight junction / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / protein targeting to membrane / intercellular bridge / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / brush border / bicellular tight junction / vesicle-mediated transport / positive regulation of glial cell proliferation / cytoskeleton organization / p75NTR recruits signalling complexes / response to interleukin-1 / secretion / positive regulation of glucose import / positive regulation of protein localization to plasma membrane / actin filament organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / phospholipid binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of neuron projection development / cellular response to insulin stimulus / microtubule cytoskeleton / KEAP1-NFE2L2 pathway / cell migration / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / protein kinase activity / intracellular signal transduction / endosome / apical plasma membrane / Golgi membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding ...Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C iota type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hirano, Y. / Yoshinaga, S. / Yokochi, M. / Ogura, K. / Noda, Y. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of atypical protein kinase C PB1 domain and its mode of interaction with ZIP/p62 and MEK5
著者: Hirano, Y. / Yoshinaga, S. / Ogura, K. / Yokochi, M. / Noda, Y. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2004年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C, iota type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3221
ポリマ－10,3221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C, iota type


分子量: 10321.621 Da / 分子数: 1 / 断片: PB1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKCiota / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P41743, EC: 2.7.1.37

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM PKCiota PB1 U-15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 5mM ditiothreitol; 0.05%(w/v) sodium azide; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM PKCiota PB1 U-15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 5mM ditiothreitol; 0.05%(w/v) sodium azide; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride
pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRcollection
NMRPipe解析
Oliviaデータ解析
ARIAJ.P.Linge, S.I.O'Donoghue, M.Nilges精密化
CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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