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- PDB-1vb5: Crystal Structure Analysis of the Pyrococcus horikoshii OT3 trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vb5
タイトルCrystal Structure Analysis of the Pyrococcus horikoshii OT3 translation initiation factor eIF-2B
要素translation initiation factor eIF-2B
キーワードTRANSLATION / initiation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity
類似検索 - 分子機能
translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle ...translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative translation initiation factor eIF-2B subunit 2-like
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kakuta, Y. / Tahara, M. / Maetani, S. / Kimura, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the regulatory subunit of archaeal initiation factor 2B (aIF2B) from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3: a proposed structure of the regulatory ...タイトル: Crystal structure of the regulatory subunit of archaeal initiation factor 2B (aIF2B) from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3: a proposed structure of the regulatory subcomplex of eukaryotic IF2B
著者: Kakuta, Y. / Tahara, M. / Maetani, S. / Yao, M. / Tanaka, I. / Kimura, M.
履歴
登録2004年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: translation initiation factor eIF-2B
B: translation initiation factor eIF-2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8892
ポリマ－62,8892
非ポリマー00
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
2
A: translation initiation factor eIF-2B
B: translation initiation factor eIF-2B

A: translation initiation factor eIF-2B
B: translation initiation factor eIF-2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7784
ポリマ－125,7784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area10250 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area41890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.437, 158.437, 151.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 translation initiation factor eIF-2B


分子量: 31444.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 14590355, UniProt: O58185*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.81 %
結晶化温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 58196

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→50 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.234 -
Rwork0.209 -
obs-51978
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4386 0 0 208 4594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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