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- PDB-4r40: Crystal Structure of TolB/Pal complex from Yersinia pestis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r40
タイトルCrystal Structure of TolB/Pal complex from Yersinia pestis.
要素
  • Peptidoglycan-associated lipoprotein
  • Protein TolB
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold and beta propeller fold / translocation and peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import / cell outer membrane / periplasmic space / cell division
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan-associated lipoprotein, C-terminal / Peptidoglycan-associated lipoprotein / TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. ...Peptidoglycan-associated lipoprotein, C-terminal / Peptidoglycan-associated lipoprotein / TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Peptidoglycan-associated lipoprotein / Peptidoglycan-associated lipoprotein / Tol-Pal system protein TolB
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of TolB/Pal complex from Yersinia pestis.
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TolB
B: Peptidoglycan-associated lipoprotein
C: Protein TolB
D: Peptidoglycan-associated lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,95413
ポリマ－119,2024
非ポリマー7539
水64936
1
A: Protein TolB
B: Peptidoglycan-associated lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0698
ポリマ－59,6012
非ポリマー4686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23040 Å2
手法PISA
2
C: Protein TolB
D: Peptidoglycan-associated lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8855
ポリマ－59,6012
非ポリマー2843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.389, 175.252, 66.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細2 heterodimers in the asymmetric unit

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Protein TolB


分子量: 44120.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: tolB, y3055, YPO1124, YP_1032 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q8ZGZ1
#2: タンパク質 Peptidoglycan-associated lipoprotein / Peptidoglycan-associated lipoprotein Pal


分子量: 15480.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: excC, pal, y3054, YPO1125, YP_1031 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q7CH55, UniProt: A0A380PP88*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 45分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-tris pH 7.5, 25% PEG 3550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.496→43.821 Å / Num. all: 35354 / Num. obs: 35354 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.59 Å2 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1499 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4PWZ and 4PWT

4pwz

4pwt


解像度: 2.496→43.821 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1593 5.23 %random
Rwork0.17 ---
all0.173 30433 --
obs0.173 30433 81.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→43.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8053 0 44 36 8133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02711264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0843010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061490
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4976-2.57820.2983910.27931528161946
2.5782-2.67030.3404990.25821797189653
2.6703-2.77720.2772940.24462014210859
2.7772-2.90350.29061140.23332241235566
2.9035-3.05650.26661340.21992489262374
3.0565-3.24790.24071320.19672807293983
3.2479-3.49850.20881710.17243082325390
3.4985-3.85030.2181870.15873211339894
3.8503-4.40670.18831790.13033219339895
4.4067-5.54910.1521660.12453235340195
5.5491-37.60230.20131830.17283250343394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34140.54460.70141.3548-0.90971.14230.08880.33460.29860.0732-0.0048-0.00290.52530.1321-0.11120.49450.09310.01160.2447-0.09270.488416.4929-27.4990.5743
21.5366-1.27350.63634.2071-3.8173.6950.1870.0834-0.11230.0585-0.0780.13850.067-0.0417-0.13770.2225-0.04860.04940.2095-0.10750.501611.6217-33.64445.2003
31.00151.6834-0.57352.8165-1.00881.3748-0.0343-0.0341-0.0993-0.27240.26320.0506-0.08380.02970.07090.17490.02790.05230.252-0.02880.52224.3464-24.0414.1065
40.29130.11190.13991.03260.38661.36580.00950.01440.0232-0.087-0.03360.1115-0.0279-0.12940.03440.19170.00630.01070.21360.01690.456913.36265.72469.6215
54.3161-0.9020.05522.61340.30940.9977-0.169-0.1677-0.17790.26970.2883-0.47010.3596-0.0417-0.05060.30420.015-0.02750.19180.01680.360222.6995-5.932515.833
63.7775-0.86080.47772.88910.4110.68850.2820.04470.0676-0.3422-0.2282-0.24740.0925-0.0307-0.03410.2860.02110.05820.19760.02450.366122.4851-7.15615.2362
70.98030.20271.02357.013-5.12769.07970.1867-0.1557-0.3102-0.7243-0.05840.39450.11690.789-0.09560.1203-0.00440.07970.3594-0.00150.572433.653430.4577-8.5882
86.6301-2.541-1.0778.0366-2.89593.77810.2244-0.5490.467-1.14260.0737-0.61260.22430.1716-0.29050.4289-0.03050.07420.1692-0.0460.472828.65433.5965-4.6612
90.02460.1316-0.03571.677-0.83861.66690.0680.013-0.2706-0.0123-0.1551-0.30450.0781-0.01210.06480.1534-0.0205-0.00180.31740.040.52328.099519.93722.3689
100.3796-0.1940.54971.27461.5933.70510.20660.06520.42220.06870.2162-0.22840.3073-0.1293-0.26080.1799-0.0990.08850.3043-0.02570.720516.284380.386132.8334
111.89710.9531.47252.06650.3612.1819-0.58880.14130.4989-0.58420.3001-0.1004-0.2021-0.09630.2320.4029-0.06180.03790.22530.01350.482115.928284.962427.8049
121.63390.63880.08393.7210.74831.1068-0.01920.0415-0.1503-0.4189-0.24420.5526-0.3318-0.27650.17440.3033-0.0401-0.00490.2833-0.03730.49415.863186.05628.5862
130.6262-0.43120.46283.5590.49970.52310.1106-0.0593-0.1209-0.0535-0.27850.3519-0.07010.08070.07410.1864-0.0640.06290.24060.03730.556211.029266.063331.1493
142.2148-2.26550.29284.97530.19410.4319-0.22070.31670.18040.36030.06350.1067-0.002-0.0114-0.03330.210.04180.06980.4289-0.05380.428913.689957.41338.6365
151.4147-1.68630.11722.5367-0.25480.029-0.30530.1667-0.30560.55130.33240.6707-0.0579-0.1052-0.11190.20080.00250.03540.35540.04310.58148.599545.339933.3847
160.43470.66270.33363.54040.62381.59420.0908-0.0953-0.0162-0.1267-0.11650.14380.1541-0.22780.02810.1898-0.02010.02630.234-0.00280.442911.759740.502216.3442
173.1298-0.146-0.61930.82650.12332.9898-0.103-0.056-0.0581-0.07230.1626-0.10920.2580.0062-0.07430.2550.0213-0.02780.1873-0.03650.576323.197357.247919.9795
181.99940.1957-1.03394.3379-5.20996.57090.0190.0943-0.3513-1.1197-0.241-0.2114-0.6843-0.08860.16810.76010.014-0.13590.2104-0.05830.601832.849716.453651.5579
192.96820.06711.4932.97-0.06024.1164-0.1460.3224-0.0272-0.17340.22390.24520.06550.1677-0.03760.39540.00090.06630.1413-0.09750.648535.236729.926829.0164
207.42486.8898-6.03116.6268-6.32568.26-0.7405-0.2956-0.60490.08010.2385-1.03970.42310.990.47780.52210.0612-0.11320.2513-0.03810.571738.838321.422833.8206
212.2105-1.77060.65297.52925.61246.67860.11830.1964-0.35130.6268-0.2652-0.44120.6323-0.44470.05790.421-0.00520.11030.22140.02640.375828.219314.48239.2426
223.24363.0953-0.99626.5561-2.22823.49460.07320.2689-0.3180.4960.10310.3378-0.15770.1085-0.1780.126-0.0082-0.00890.2083-0.01770.581425.404530.528134.2159
231.4657-0.17481.0884.2125-0.31522.8901-0.27680.18680.1579-0.20320.03760.5328-0.07050.22270.23180.2129-0.03580.01780.20120.00470.493127.585831.870630.3079
246.81820.877-1.31764.34420.10946.8885-0.0592-0.3572-0.28580.1573-0.05080.29390.19920.6960.34420.34950.0813-0.03530.2277-0.03470.462429.900231.145436.189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 157 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 158 through 362 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 363 through 389 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 390 through 430 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 45 through 76 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 77 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 103 through 168 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 23 through 53 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 54 through 87 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 88 through 138 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 139 through 179 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 180 through 198 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 199 through 240 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 241 through 328 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 329 through 429 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 45 through 62 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 63 through 76 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 77 through 83 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 84 through 92 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 93 through 109 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 110 through 160 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 161 through 168 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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