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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v2p | ||||||
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タイトル | Trypsin inhibitor in complex with bovine trypsin variant X(SSYI)bT.A4 | ||||||
要素 | Trypsin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / virion component / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Rauh, D. / Klebe, G. / Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Understanding protein-ligand interactions: the price of protein flexibility 著者: Rauh, D. / Klebe, G. / Stubbs, M.T. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: ZZ made EZ: influence of inhibitor configuration on enzyme selectivity. 著者: Rauh, D. / Klebe, G. / Sturzebecher, J. / Stubbs, M.T. #2: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Trypsin mutants for structure-based drug design: expression, refolding and crystallisation. 著者: Rauh, D. / Reyda, S. / Klebe, G. / Stubbs, M.T. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Reconstructing the Binding Site of Factor Xa in Trypsin Reveals Ligand-Induced Structural Plasticity. 著者: Reyda, S. / Sohn, C. / Klebe, G. / Rall, K. / Ullmann, D. / Jakubke, H.D. / Stubbs, M.T. #4: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2002 タイトル: pH-dependent binding modes observed in trypsin crystals: lessons for structure-based drug design. 著者: Stubbs, M.T. / Reyda, S. / Dullweber, F. / Moller, M. / Klebe, G. / Dorsch, D. / Mederski, W.W. / Wurziger, H. #5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998 タイトル: Structural and functional analyses of benzamidine-based inhibitors in complex with trypsin: implications for the inhibition of factor Xa, tPA, and urokinase. 著者: Renatus, M. / Bode, W. / Huber, R. / Sturzebecher, J. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v2p.cif.gz | 56.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v2p.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v2p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1v2p_validation.pdf.gz | 714.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1v2p_full_validation.pdf.gz | 719.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1v2p_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1v2p_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/1v2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/1v2p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23329.307 Da / 分子数: 1 / 変異: Y172S, P173S, G174Y, Q175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PANCREAS / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-ANH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月23日 / 詳細: NI FILTER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→43.75 Å / Num. obs: 29106 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.92→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→10 Å
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