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- PDB-1v02: Crystal structure of the Sorghum bicolor dhurrinase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v02
タイトルCrystal structure of the Sorghum bicolor dhurrinase 1
要素(DHURRINASE) x 2
キーワードHYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE / DHURRIN HYDROLYSIS / PEST DEFENSE / FAMILY GH1
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucosidebeta-D-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種SORGHUM BICOLOR (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moriniere, J. / Verdoucq, L. / Bevan, D.R. / Esen, A. / Henrissat, B. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict ...タイトル: Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
著者: Verdoucq, L. / Moriniere, J. / Bevan, D.R. / Esen, A. / Vasella, A. / Henrissat, B. / Czjzek, M.
履歴
登録2004年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DHURRINASE
B: DHURRINASE
C: DHURRINASE
D: DHURRINASE
E: DHURRINASE
F: DHURRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,6196
ポリマ－383,6196
非ポリマー00
水91,3005068
1
A: DHURRINASE
B: DHURRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8642
ポリマ－127,8642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: DHURRINASE
D: DHURRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8642
ポリマ－127,8642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: DHURRINASE
F: DHURRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8922
ポリマ－127,8922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.050, 101.050, 279.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEU6AA13 - 3064 - 81
21ARGARGLEULEU6BB13 - 3064 - 81
31ARGARGLEULEU6CC13 - 3064 - 81
41ARGARGLEULEU6DD13 - 3064 - 81
51ARGARGLEULEU6EE13 - 3064 - 81
61ARGARGLEULEU6FF13 - 3064 - 81
12LEULEUASNASN1AA30 - 6081 - 111
22LEULEUASNASN1BB30 - 6081 - 111
32LEULEUASNASN1CC30 - 6081 - 111
42LEULEUASNASN1DD30 - 6081 - 111
52LEULEUASNASN1EE30 - 6081 - 111
62LEULEUASNASN1FF30 - 6081 - 111
13PHEPHEVALVAL6AA61 - 85112 - 136
23PHEPHEVALVAL6BB61 - 85112 - 136
33PHEPHEVALVAL6CC61 - 85112 - 136
43PHEPHEVALVAL6DD61 - 85112 - 136
53PHEPHEVALVAL6EE61 - 85112 - 136
63PHEPHEVALVAL6FF61 - 85112 - 136
14ARGARGASNASN1AA86 - 116137 - 167
24ARGARGASNASN1BB86 - 116137 - 167
34ARGARGASNASN1CC86 - 116137 - 167
44ARGARGASNASN1DD86 - 116137 - 167
54ARGARGASNASN1EE86 - 116137 - 167
64ARGARGASNASN1FF86 - 116137 - 167
15GLUGLUILEILE6AA117 - 139168 - 190
25GLUGLUILEILE6BB117 - 139168 - 190
35GLUGLUILEILE6CC117 - 139168 - 190
45GLUGLUILEILE6DD117 - 139168 - 190
55GLUGLUILEILE6EE117 - 139168 - 190
65GLUGLUILEILE6FF117 - 139168 - 190
16THRTHRPHEPHE1AA140 - 157191 - 208
26THRTHRPHEPHE1BB140 - 157191 - 208
36THRTHRPHEPHE1CC140 - 157191 - 208
46THRTHRPHEPHE1DD140 - 157191 - 208
56THRTHRPHEPHE1EE140 - 157191 - 208
66THRTHRPHEPHE1FF140 - 157191 - 208
17LEULEUTHRTHR6AA158 - 180209 - 231
27LEULEUTHRTHR6BB158 - 180209 - 231
37LEULEUTHRTHR6CC158 - 180209 - 231
47LEULEUTHRTHR6DD158 - 180209 - 231
57LEULEULYSLYS6EE158 - 180209 - 231
67LEULEUTHRTHR6FF158 - 180209 - 231
18VALVALLEULEU1AA181 - 203232 - 254
28VALVALLEULEU1BB181 - 203232 - 254
38VALVALLEULEU1CC181 - 203232 - 254
48VALVALLEULEU1DD181 - 203232 - 254
58VALVALLEULEU1EE181 - 203232 - 254
68VALVALLEULEU1FF181 - 203232 - 254
19ALAALAGLUGLU6AA204 - 238255 - 289
29ALAALAGLUGLU6BB204 - 238255 - 289
39ALAALAGLUGLU6CC204 - 238255 - 289
49ALAALAGLUGLU6DD204 - 238255 - 289
59ALAALAGLUGLU6EE204 - 238255 - 289
69ALAALAGLUGLU6FF204 - 238255 - 289
110THRTHRGLNGLN1AA239 - 273290 - 324
210THRTHRGLNGLN1BB239 - 273290 - 324
310THRTHRGLNGLN1CC239 - 273290 - 324
410THRTHRGLNGLN1DD239 - 273290 - 324
510THRTHRGLNGLN1EE239 - 273290 - 324
610THRTHRGLNGLN1FF239 - 273290 - 324
111GLNGLNLEULEU6AA274 - 284325 - 335
211GLNGLNLEULEU6BB274 - 284325 - 335
311GLNGLNLEULEU6CC274 - 284325 - 335
411GLNGLNLEULEU6DD274 - 284325 - 335
511GLNGLNLEULEU6EE274 - 284325 - 335
611GLNGLNLEULEU6FF274 - 284325 - 335
112GLYGLYASPASP1AA285 - 352336 - 403
212GLYGLYASPASP1BB285 - 352336 - 403
312GLYGLYASPASP1CC285 - 352336 - 403
412GLYGLYASPASP1DD285 - 352336 - 403
512GLYGLYASPASP1EE285 - 352336 - 403
612GLYGLYASPASP1FF285 - 352336 - 403
113ASPASPLEULEU6AA353 - 388404 - 439
213ASPASPLEULEU6BB353 - 388404 - 439
313ASPASPLEULEU6CC353 - 388404 - 439
413ASPASPLEULEU6DD353 - 388404 - 439
513ASPASPLEULEU6EE353 - 388404 - 439
613ASPASPLEULEU6FF353 - 388404 - 439
114METMETGLYGLY1AA389 - 406440 - 457
214METMETGLYGLY1BB389 - 406440 - 457
314METMETGLYGLY1CC389 - 406440 - 457
414METMETGLYGLY1DD389 - 406440 - 457
514METMETGLYGLY1EE389 - 406440 - 457
614METMETGLYGLY1FF389 - 406440 - 457
115METMETLYSLYS6AA407 - 438458 - 489
215METMETLYSLYS6BB407 - 438458 - 489
315METMETLYSLYS6CC407 - 438458 - 489
415METMETLYSLYS6DD407 - 438458 - 489
515METMETLYSLYS6EE407 - 438458 - 489
615METMETLYSLYS6FF407 - 438458 - 489
116GLNGLNTYRTYR1AA439 - 450490 - 501
216GLNGLNTYRTYR1BB439 - 450490 - 501
316GLNGLNTYRTYR1CC439 - 450490 - 501
416GLNGLNTYRTYR1DD439 - 450490 - 501
516GLNGLNTYRTYR1EE439 - 450490 - 501
616GLNGLNTYRTYR1FF439 - 450490 - 501
117PHEPHEGLYGLY6AA451 - 496502 - 547
217PHEPHEGLYGLY6BB451 - 496502 - 547
317PHEPHEGLYGLY6CC451 - 496502 - 547
417PHEPHEGLYGLY6DD451 - 496502 - 547
517PHEPHEGLYGLY6EE451 - 496502 - 547
617PHEPHEGLYGLY6FF451 - 496502 - 547

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.22732, -0.97175, -0.0635), (-0.97267, -0.22974, 0.03358), (-0.04722, 0.05413, -0.99742)38.58124, 51.77372, -50.34843
2given(-0.49992, -0.86336, 0.06842), (0.86395, -0.50267, -0.03035), (0.0606, 0.04394, 0.99719)1.06223, 113.64437, -2.26259
3given(0.72873, 0.68113, -0.07079), (0.68013, -0.73193, -0.04116), (-0.07985, -0.01815, -0.99664)-66.11475, 122.87324, -47.93115
4given(-0.49704, 0.8654, 0.06353), (-0.86624, -0.49914, 0.0221), (0.05084, -0.04404, 0.99774)3.23123, 57.63508, 0.00199
5given(-0.95467, 0.29743, -0.01159), (0.29739, 0.95474, 0.00509), (0.01258, 0.00141, -0.99992)25.13749, -3.08495, -49.70576

-
要素

#1: タンパク質
DHURRINASE / DHURRINASE-1


分子量: 63931.754 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SORGHUM BICOLOR (タカキビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q41290, beta-glucosidase
#2: タンパク質 DHURRINASE / DHURRINASE-1


分子量: 63959.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SORGHUM BICOLOR (タカキビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q41290, beta-glucosidase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.593 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 16% PEG-MONO-METHYL-ETHER 2000, 0.1 M TRIS PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器日付: 2003年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39 Å / Num. obs: 291187 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E1E

1e1e


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.419 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 14720 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 276371 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.44 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23259 0 0 5068 28327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02123955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.93732548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.71752898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.23318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.313101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2750.56568
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.3151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3110.5241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.089214431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.854323246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57229524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.34939302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1883tight positional0.070.05
2B1883tight positional0.050.05
3C1883tight positional0.10.05
4D1883tight positional0.050.05
5E1883tight positional0.080.05
6F1883tight positional0.070.05
1A1989loose positional0.255
2B1989loose positional0.45
3C1989loose positional0.415
4D1989loose positional0.245
5E1989loose positional0.355
6F1989loose positional0.325
1A1883tight thermal0.20.5
2B1883tight thermal0.190.5
3C1883tight thermal0.20.5
4D1883tight thermal0.210.5
5E1883tight thermal0.210.5
6F1883tight thermal0.20.5
1A1989loose thermal1.710
2B1989loose thermal1.4110
3C1989loose thermal1.6710
4D1989loose thermal1.5210
5E1989loose thermal1.5510
6F1989loose thermal1.9910
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 969
Rwork0.263 18302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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