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- PDB-1uza: Crystallographic structure of a feruloyl esterase from Aspergillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uza
タイトルCrystallographic structure of a feruloyl esterase from Aspergillus niger
要素FERULOYL ESTERASE A
キーワードHYDROLASE / SERINE ESTERASE / XYLAN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


feruloyl esterase / feruloyl esterase activity / pectin catabolic process / cellulose binding / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / lipid metabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Feruloyl esterase A
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者McAuley, K.E. / Svendsen, A. / Patkar, S.A. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of a Feruloyl Esterase from Aspergillus Niger
著者: Mcauley, K.E. / Svendsen, A. / Patkar, S.A. / Wilson, K.S.
履歴
登録2004年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERULOYL ESTERASE A
B: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5796
ポリマ－56,9442
非ポリマー6354
水7,170398
1
A: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7893
ポリマ－28,4721
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: FERULOYL ESTERASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7893
ポリマ－28,4721
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.298, 39.681, 77.071
Angle α, β, γ (deg.)75.24, 78.82, 71.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 28
2114B1 - 28
1214A35 - 56
2214B35 - 56
1314A60 - 116
2314B60 - 116
1414A127 - 222
2414B127 - 222
1514A224 - 227
2514B224 - 227
1614A233 - 256
2614B233 - 256

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.37556, 0.90163, 0.21453), (0.90091, -0.40948, 0.14382), (0.21752, 0.13926, -0.96607)
ベクター: 20.76293, 15.65211, 37.79221)

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要素

#1: タンパク質 FERULOYL ESTERASE A / FERULIC ACID ESTERASE A / FAE-III / CINNAMOYL ESTERASE


分子量: 28472.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-ACETYLGLUCOSAMINE AT ASN 79 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌) / 参照: UniProt: O42807, feruloyl esterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN DEGRADATION OF PLANT CELL WALLS. HYDROLYZES THE FERULOYL-ARABINOSE ESTER BOND IN ...INVOLVED IN DEGRADATION OF PLANT CELL WALLS. HYDROLYZES THE FERULOYL-ARABINOSE ESTER BOND IN ARABINOXYLANS, AND THE FERULOYL-GALACTOSE ESTER BOND IN PECTIN. BINDS TO CELLULOSE. FERULOYL-POLYSACCHARIDE + H(2)O = FERULATE + POLYSACCHARIDE.
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONFLICT DESCRIBED IN THE SEQADV RECORDS BELOW HAVE BEEN DESCRIBED IN UNIPROT ENTRY O42807 BY ...THE CONFLICT DESCRIBED IN THE SEQADV RECORDS BELOW HAVE BEEN DESCRIBED IN UNIPROT ENTRY O42807 BY JUGE ET AL 2001. PUBMED ID: 12702357

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 1.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NA ACETATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 64076 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4TGL

4tgl


解像度: 1.5→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.314 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 3252 5.11 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.158 64009 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.131 Å20.122 Å20.318 Å2
2--0.988 Å20.137 Å2
3----1.128 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→74.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3978 0 38 398 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214175
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9255711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96538100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61225.64211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88615621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6281513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.23527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.22186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.22221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3881.53235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73224174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91531872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8294.51537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3169 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.320.5
2Bmedium thermal0.922
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.231 223
Rwork0.168 4388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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