PDB-1uyw: Crystal Structure of the antiflavivirus Fab4g2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uyw

タイトル

Crystal Structure of the antiflavivirus Fab4g2

要素

FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN
FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Martinez-Fleites, C. / Ortiz-Lombardia, M. / Taylor, E.J. / Gil-Valdes, J. / Chinea, G. / Davies, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Antiflavivirus Fab4G2
著者: Martinez-Fleites, C. / Ortiz-Lombardia, M. / Taylor, E.J. / Gil-Valdes, J. / Chinea, G. / Davies, G.

履歴

登録	2004年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1uyw.cif.gz	180.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1uyw.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1uyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1uyw_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1uyw_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	1uyw_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	1uyw_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/1uyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/1uyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yecS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nyx-3 1bfo-4 5ig7-1 6ug9-2 6c5i-d 1dee-1 4ncc-2 3if1-3 6wos-d 4wht-10 3dro-d 1t66-1 4kjp-2 1mrc-d 6u3z-2 5lgh-d 3i75-d 3g6j-4 6wla-3 5mu0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN

L: FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN

M: FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN

N: FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN

93.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN

L: FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN

N: FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.564, 89.611, 138.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.99988, -0.01251, 0.0096), (-0.01266, -0.99981, 0.015), (0.00941, -0.01511, -0.99984)	37.17276, 90.5022, 35.38548
2	given	(0.99994, -0.00495, 0.01009), (-0.00499, -0.99998, 0.00394), (0.01007, -0.00399, -0.99994)	36.97194, 90.2744, 34.60938

#1: 抗体	FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN 分子量: 23100.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN 分子量: 23429.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 13% PEG8K, 100MM HEPES PH=7.5, 5MM B-OG, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.08
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→74.536 Å / Num. obs: 60545 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YEC

1yec

解像度: 2→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.701 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: NONE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21953	4293	7.1 %	RANDOM
R_work	0.19943	-	-	-
obs	0.20087	56177	96.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.835 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6530	0	0	473	7003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	6749
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.943	9208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	3	13630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.908	5	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	6636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.289	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.585	1.5	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.156	2	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.636	3	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.879	4.5	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.267	257
R_work	0.248	3381

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3433	-0.439	-0.0713	0.6595	0.1412	0.4717	0.0556	0.0001	0.0208	-0.0298	-0.0299	0.0032	0.042	0.0198	-0.0258	0.029	0.0001	0.0015	0.0516	-0.0013	0.041	22.713	42.51	-7.743
2	0.4915	-0.719	0.2246	0.8591	-0.4148	0.6859	0.0135	0.0327	0.0719	0.0935	-0.0241	-0.0306	-0.0159	0.0801	0.0107	0.0289	0.0171	-0.0131	0.0605	-0.0127	0.0464	29.694	51.029	25.101
3	0.2766	0.5874	-0.0976	0.5836	-0.2653	0.9977	0.0842	0.007	-0.058	0.0847	-0.0712	0.0156	-0.2198	0.0617	-0.013	0.06	-0.0051	0.0028	0.0423	0.0061	0.0372	59.328	47.515	42.312
4	0.8898	1.1557	0.133	1.7788	-0.0181	0.6513	0.0402	-0.119	-0.099	-0.142	-0.0695	-0.1283	0.0102	0.0533	0.0294	0.0157	0.0058	0.0241	0.0587	0.0106	0.0372	66.482	39.394	9.837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	2	H	121 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	2	L	109 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	3	N	1 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	3	M	2 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	4	N	109 - 211
8	X-RAY DIFFRACTION	4	M	121 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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