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万見
- PDB-1uw4: The structural basis of the interaction between nonsense mediated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uw4
タイトルThe structural basis of the interaction between nonsense mediated decay factors UPF2 and UPF3
要素
  • REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
  • UPF3X
キーワードRNA BINDING PROTEIN / NONSENSE MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / NMD / RNP DOMAIN / MIF4G DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / RNA Polymerase II Transcription Termination / telomeric DNA binding / centriolar satellite / mRNA transport / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / RNA Polymerase II Transcription Termination / telomeric DNA binding / centriolar satellite / mRNA transport / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / animal organ regeneration / mRNA export from nucleus / positive regulation of neuron differentiation / mRNA Splicing - Major Pathway / liver development / positive regulation of translation / brain development / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / mRNA binding / neuronal cell body / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UPF3B, RNA recognition motif-like domain / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) ...UPF3B, RNA recognition motif-like domain / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Regulator of nonsense transcripts 3B / Regulator of nonsense transcripts 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kadlec, J. / Izaurralde, E. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Structural Basis for the Interaction between Nonsense-Mediated Mrna Decay Factors Upf2 and Upf3
著者: Kadlec, J. / Izaurralde, E. / Cusack, S.
履歴
登録2004年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF3X
B: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
C: UPF3X
D: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5176
ポリマ－80,3614
非ポリマー1562
水5,657314
1
A: UPF3X
B: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2583
ポリマ－40,1802
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PQS
2
C: UPF3X
D: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2583
ポリマ－40,1802
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.306, 100.178, 153.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2067-

HOH

21D-2079-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9945, -0.104, 0.0131), (-0.1041, 0.9945, -0.0075), (-0.0122, -0.0089, -0.9999)141.4101, 8.2411, 229.6434
2given(-0.9938, -0.1085, 0.0224), (-0.1087, 0.994, -0.0087), (-0.0213, -0.0111, -0.9997)142.37511, 8.8348, 228.99249

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要素

#1: タンパク質 UPF3X / RNA PROCESSING PROTEIN / UPF3B


分子量: 10902.323 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 50-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA-CELL / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BZI7
#2: タンパク質 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 2 / UPF2


分子量: 29278.039 Da / 分子数: 2 / 断片: MIF4G DOMAIN, RESIDUES 768-1015 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA-CELL / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HAU5
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM AMMONIUM ACETATE, 15 MM MAGNESIUM ACETATE 50 MM SODIUM CACODYLATE 6.5, 8% ISOPROPANOL, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.0
3100 mM1dropNaCl
410 mMbeta-mercaptoethanol1drop
5100 mMammonium acetate1reservoir
615 mMmagnesium acetate1reservoir
750 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
88 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393, 0.9792, 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月16日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93931
20.97921
30.97951
反射解像度: 1.95→33.7 Å / Num. obs: 79316 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 1.95→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. measured all: 338871 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.305

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE/RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.531 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2379 3 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.205 76925 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5657 0 2 314 5973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1221.9587890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8312327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1035680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.25699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.30.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4881.53413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92725574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57732414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5984.52316
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.322 167
Rwork0.26 5413
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77870.1350.13480.62230.13410.895-0.0362-0.09720.08170.15920.0251-0.0063-0.11690.01040.01110.15520.0116-0.02990.0689-0.0230.054273.03221.881138.012
21.0661-0.17860.27440.8998-0.29731.1172-0.01790.11240.1373-0.0925-0.01160.0113-0.1465-0.00790.02960.0171-0.0094-0.01930.00740.01810.046265.48721.31192.247
32.1064-0.3078-0.70522.3592-0.55012.6622-0.04110.09260.0729-0.1530.0223-0.5449-0.22210.4320.01880.1583-0.1105-0.07980.2176-0.05340.260994.05621.739127.631
42.17050.1254-0.63782.6050.37392.22660.0077-0.14890.06350.2404-0.04610.6212-0.1705-0.40520.03840.04280.069-0.00760.15360.01010.248444.38119.135102.401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B768 - 1015
2X-RAY DIFFRACTION2D768 - 1015
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4C50 - 140
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.12

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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