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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uts | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Designed HIV-1 TAR Binding Ligand | ||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-(*キーワード | HIV-1 / TAR RNA / DRUG DESIGN / ANTIVIRAL / LIGAND BINDING / CONFORMATIONAL CHANGE | 機能・相同性 | Chem-P13 / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | 手法 | 溶液NMR / NOE-RESTRAINED DYNAMICS | データ登録者 | Davis, B. / Murchie, A.I.H. / Aboul-Ela, F. / Karn, J. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 | タイトル: Structure-based drug design targeting an inactive RNA conformation: exploiting the flexibility of HIV-1 TAR RNA. 著者: Murchie, A.I. / Davis, B. / Isel, C. / Afshar, M. / Drysdale, M.J. / Bower, J. / Potter, A.J. / Starkey, I.D. / Swarbrick, T.M. / Mirza, S. / Prescott, C.D. / Vaglio, P. / Aboul-ela, F. / Karn, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uts.cif.gz | 316.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uts.ent.gz | 262.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uts_validation.pdf.gz | 415.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1uts_full_validation.pdf.gz | 517.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1uts_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uts_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1uts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1uts | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: 29 NUCLEOTIDE SEQUENCE COMPRISING PRIMARY BINDING SITE OF HIV-1 TAT, SYNTHESIZED USING T7 RNA POLYMERASE OFF OF A DNA TEMPLATE 由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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#2: 化合物 | ChemComp-P13 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED TAR RNA IN D2O AT 303 K, AND UNLABELED TAR RNA IN H2O AT 278 K, ALL COMPLEXED WITH THE SYNTHETIC LIGAND, RBT550 |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 20 mM / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: NOE-RESTRAINED DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS WERE ACCORDING TO STANDARD METHODS (SEE JOURNAL CITATION ABOVE AND G. VARANI, F. ABOUL-ELA, AND F. ALLAIN, NMR INVESTIGATION OF RNA STRUCTURE. FROM PROGRESS IN NMR ...詳細: REFINEMENT DETAILS WERE ACCORDING TO STANDARD METHODS (SEE JOURNAL CITATION ABOVE AND G. VARANI, F. ABOUL-ELA, AND F. ALLAIN, NMR INVESTIGATION OF RNA STRUCTURE. FROM PROGRESS IN NMR SPECTROSCOPY, V. 29, P. 51-127. | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION ENERGY 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 16 |