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- PDB-1upv: Crystal structure of the human Liver X receptor beta ligand bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upv
タイトルCrystal structure of the human Liver X receptor beta ligand binding domain in complex with a synthetic agonist
要素OXYSTEROLS RECEPTOR LXR-BETA
キーワードRECEPTOR / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / LIGAND BINDING DOMAIN / LIVER X RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / nuclear retinoid X receptor binding / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of proteolysis / hormone-mediated signaling pathway / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-444 / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hoerer, S. / Schmid, A. / Heckel, A. / Budzinski, R.M. / Nar, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Human Liver X Receptor Beta Ligand-Binding Domain in Complex with a Synthetic Agonist
著者: Hoerer, S. / Schmid, A. / Heckel, A. / Budzinski, R.M. / Nar, H.
履歴
登録2003年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXYSTEROLS RECEPTOR LXR-BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8982
ポリマ－29,4171
非ポリマー4811
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.800, 43.200, 51.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 OXYSTEROLS RECEPTOR LXR-BETA / LIVER X RECEPTOR BETA / NUCLEAR ORPHAN / RECEPTOR LXR-BETA / UBIQUITOUSLY-EXPRESSED NUCLEAR ...LIVER X RECEPTOR BETA / NUCLEAR ORPHAN / RECEPTOR LXR-BETA / UBIQUITOUSLY-EXPRESSED NUCLEAR RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR NER


分子量: 29416.621 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 209-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55055
#2: 化合物 ChemComp-444 / N-(2,2,2-TRIFLUOROETHYL)-N-{4-[2,2,2-TRIFLUORO-1-HYDROXY-1-(TRIFLUOROMETHYL)ETHYL]PHENYL}BENZENESULFONAMIDE / T-0901317


分子量: 481.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12F9NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: ORPHAN RECEPTOR. BINDS PREFERENTIALLY TO DOUBLE-STRANDED OLIGONUCLEOTIDE DIRECT REPEATS ...FUNCTION: ORPHAN RECEPTOR. BINDS PREFERENTIALLY TO DOUBLE-STRANDED OLIGONUCLEOTIDE DIRECT REPEATS HAVING THE CONSENSUS HALF-SITE SEQUENCE 5'-AGGTCA-3' AND 4-NT SPACING (DR-4).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化pH: 7.5
詳細: RESERVOIR: 25% MPD, 10% PEG4K, 100 MM HEPES PH 7.5, 10 MM D PROTEIN: 4-8 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 8.0, 100 MM NACL, 10 MM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9166
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9166 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 15111 / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 71.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FCY

1fcy


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 6.541 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 755 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs-14163 83.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å22.34 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 31 97 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2131.982641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7695230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.521.51164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05721880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8893780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3784.5761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.279 54
Rwork0.234 902
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.2994 Å / Origin y: -1.9624 Å / Origin z: 9.2113 Å
111213212223313233
T0.0526 Å2-0.0191 Å2-0.0441 Å2-0.0787 Å2-0.0129 Å2--0.0596 Å2
L1.5091 °2-0.3382 °2-1.0471 °2-1.152 °20.4559 °2--1.4883 °2
S0.0949 Å °-0.1107 Å °0.0775 Å °0.0294 Å °0.0299 Å °-0.1757 Å °-0.0977 Å °0.0926 Å °-0.1248 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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