[日本語] English
万見
- PDB-1un0: Crystal Structure of Yeast Karyopherin (Importin) alpha in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1un0
タイトルCrystal Structure of Yeast Karyopherin (Importin) alpha in complex with a Nup2p N-terminal fragment
要素
  • IMPORTIN ALPHA SUBUNIT
  • NUCLEOPORIN NUP2
キーワードNUCLEAR IMPORT / ARMADILLO REPEAT / NUCLEOPORIN / NLS RELEASE / KARYOPHERIN RECYCLING
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket ...proteasome localization / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / NLS-dependent protein nuclear import complex / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / protein targeting to membrane / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nuclear import signal receptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / nuclear pore / protein export from nucleus / GTPase activator activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex, NUP2/50/61 / NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily ...Nuclear pore complex, NUP2/50/61 / NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP2 / Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Matsuura, Y. / Lange, A. / Harreman, M.T. / Corbett, A.H. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Nup2P Function in Cargo Release and Karyopherin Recycling in Nuclear Import
著者: Matsuura, Y. / Lange, A. / Harreman, M.T. / Corbett, A.H. / Stewart, M.
履歴
登録2003年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT
B: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT
C: NUCLEOPORIN NUP2
D: NUCLEOPORIN NUP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4404
ポリマ－109,4404
非ポリマー00
水2,846158
1
A: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT
C: NUCLEOPORIN NUP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7202
ポリマ－54,7202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT
D: NUCLEOPORIN NUP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7202
ポリマ－54,7202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.813, 140.076, 63.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 IMPORTIN ALPHA SUBUNIT / KAP60P / KARYOPHERIN ALPHA SUBUNIT / SERINE-RICH RNA POLYMERASE I SUPPRESSOR PROTEIN


分子量: 48906.562 Da / 分子数: 2 / 断片: ARMADILLO REPEAT DOMAIN, RESIDUES 88-530 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02821
#2: タンパク質 NUCLEOPORIN NUP2 / NUP2P / NUCLEAR PORE PROTEIN NUP2 / P95


分子量: 5813.649 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 1-51 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32499
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION TYR 397 ASP

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 50 MM HEPES PH 6.8, 0.15 M NACL, 24 % PEG3350, 2 % PEG400
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1droppH6.8
30.15 M1dropNaCl
424 %PEG33501drop
52 %PEG4001drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 29670 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 76810 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Num. unique obs: 4308 / Num. measured obs: 10875 / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EE4

1ee4


解像度: 2.6→20 Å / SU B: 11.435 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.686 / ESU R Free: 0.316
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25735 1806 5.1 %RANDOM
Rwork0.21566 ---
obs0.21781 33802 97.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7073 0 0 158 7231
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.831

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る