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万見
- PDB-1umq: solution structure and DNA binding of the effector domain from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1umq
タイトルsolution structure and DNA binding of the effector domain from the global regulator PrrA(RegA) from R. sphaeroides: Insights into DNA binding specificity
要素PHOTOSYNTHETIC APPARATUS REGULATORY PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / RESPONSE REGULATOR / DNA BINDING DOMAIN / HELIX-TURN-HELIX / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / ACTIVATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosynthetic apparatus regulatory protein RegA
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE, DIHEDRAL RESTRAINTS (TALOS)
データ登録者Laguri, C. / Phillips-Jones, M.K. / Williamson, M.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure and DNA Binding of the Effector Domain from the Global Regulator Prra(Rega) from Rhodobacter Sphaeroides: Insights Into DNA Binding Specificity
著者: Laguri, C. / Phillips-Jones, M.K. / Williamson, M.P.
履歴
登録2003年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYNTHETIC APPARATUS REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4831
ポリマ－9,4831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 20RANDOM
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC APPARATUS REGULATORY PROTEIN / REGA / REGA PROTEIN / RESPONSE REGULATOR / PRRA


分子量: 9482.878 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 125-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
プラスミド: PET14B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53228
構成要素の詳細INVOLVED IN TRANSACTIVATING ANAEROBIC EXPRESSION OF THE PHOTOSYNTHETIC APPARATUS. IT IS A ...INVOLVED IN TRANSACTIVATING ANAEROBIC EXPRESSION OF THE PHOTOSYNTHETIC APPARATUS. IT IS A TRANSCRIPTIONAL REGULATOR THAT IS RESPONSIBLE FOR ACTIVATING EXPRESSION OF THE PUF, PUH, AND PUC OPERONS IN RESPONSE TO A DECREASE IN OXYGEN TENSION. THIS ENTRY CORRESPONDS TO RESIDUES 125 THROUGH 184 OF THE INTACT PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C-15N EDITED NOESY
121CBCA(CO)NH
131HNCA
141HN(CA)CB
151HNCO
161HN(CA)CO
171(H)CCH
181CCH TOCSY
19113C
110115N HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PRRA C-TERMINAL DOMAIN

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試料調製

試料状態イオン強度: 0.6 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 275 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2LINGE ET AL 2003精密化
ARIA1.2構造決定
精密化手法: DISTANCE, DIHEDRAL RESTRAINTS (TALOS) / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT IN EXPLICIT WATER AS DESCRIBED IN THE REFERENCE ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RANDOM / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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